第二試驗場的爆炸，引起了NERV總部的注意…
「報告！出現不明物體！」青葉叫道︰「是……是EVA三號機！」
「怎麼可能？」東月說
「目前狀態？」碇司令問
『為藍色，是使徒！』摩耶回答
「EVA全機出動。」碇司令下令
『了解。』
「EVA零號機到二號機就發射位置。」
『EVA，出動！』
三架EVA一脫離拘束器，馬上就備戰位置。
過不久，從西邊走來一個黑色物體……
真嗣在看清楚後問︰「那就是目標？」
「沒錯。」碇司令回答他
「但你說的目標不是EVA嗎！？」
三號機正緩緩走來，牠背後的夕陽，使他原先的黑色顯得更加黑暗……
『三號機駕駛狀況怎樣？』
『還有心跳和呼吸，但無法看到插入栓狀況。』摩耶說
「目標接近二號機！」日向喊
「明日香，小心點。」真嗣說
『我知……』明日香話還沒完，通訊畫面突然斷線，二號機已經被打倒在地
『零，在目標後面瞄準。』
『是。』
零在瞄準三號機時，她感覺到有人在裡面，她遲疑了…
此刻，三號機停了下來，突然……牠往上一跳，零追丟了目標，下一秒，三號機就把零號機壓倒在地，從三號機身上流出的液體開始侵蝕零號機的左手…
「把零號機左手強制切除！」碇司令下令
『但是零號機的神經連結還沒解除！』
「不管。」
『是，零號機左手強制切除。』摩耶說
（碰！）零號機左手切除，在插入栓中的零，因為神經連結並未解除，所以切除時她發出無聲的痛苦……
在三號機接近初號機時源堂對真嗣說︰「真嗣！快開火！」
「我不要！那裡面不是還有人嗎！」
「目標距離初號機剩20！」
「真嗣！」
「我不要！」
就再此刻，三號機在初號機前停了下來，牠將手伸長並掐著初號機的脖子……
「真嗣！快反擊！」
「不……不要！」真嗣面帶痛苦的說
『真嗣！』
「算了，換上替代栓！」碇司令下令
『可…可是替代栓現在還不能完全利用…』
「沒關係，它比現在的駕駛員好！」
『是！啟動替代栓！』
『反擊開始！』
在啟動替代栓後，初號機的眼睛發出紅光，牠一腳將三號機開，三號機被初號機踢到山邊……
「奇怪……」日向看著螢幕說
『怎麼了？』
「目標沉默。」
『啊？沒那麼容易吧？』摩耶說︰『目…目標死了嗎？』
「還不能確定。」
此時在三號機的插入栓裡……
「好痛……」在插入栓中的雷，他因為撞擊的衝擊而醒來。
「怎麼回事？」雷摸著頭說︰「我不是應該在試驗場的嗎？」
在雷看下四周後，他打開通訊機說︰「喂！NERV總部！發生甚麼事！？」但是通訊線路卻已經斷了，他關掉通訊機，重新坐好，開始駕駛三號機，而三號機也動了起來……
此刻的NERV總部…
「目標動起來了！」日向喊道
「甚麼？」東月說
在外面，初號機往三號機那衝去…
「甚麼？」在雷反應過來前，初號機就抓著三號機的脖子…「初號機？真嗣？」
「搞…搞甚麼？」雷被掐的喘不過氣︰「到底在搞甚麼？放開我！」
初號機一直抓著三號機的脖子，雷忍無可忍，他說︰「真嗣，抱歉了。」三號機用腳往初號機的腹部踢去，初號機鬆開了手，三號機馬上用反轉跳離開。
「可惡！到底在搞甚麼鬼！」雷喊道︰「幹嘛攻擊我！」
初號機用高粒子傳動刀攻擊三號機，三號機避開並做翻滾動作到零號機旁。
「零號機？怎麼變這樣？剛剛到底怎麼了？」在雷想的同時，初號機又向他砍來…
「好，你想玩真的，我就陪你玩！」說玩，雷就撿起零號機掉落在上的步槍，並瞄準初號機…
「來看看誰比較強……」他往初號機那開槍︰「看我的！」
初號機被打中，牠停了下來……
司令室中……
「初號機停止活動！」青葉喊道
『甚麼！？』
『目標現在怎樣？』
「成靜止狀態。」
「回收初號機和三號機。」碇司令說
「不會有問題嗎？」東月問他
「不會的。」源堂回答
此時……
「三號機開始移動！」
『甚麼！？』
「三號機正往本部前進！」
参號機在NERV總部的上方地面停下，在插入栓中的雷打開通訊機，他大叫︰「喂！你們在搞甚麼！無緣無故攻擊我！」
聽到雷大叫的摩耶說︰『呃……這個等你回來再說……』


EVANGELION(二)完