事件發生的幾天後……
「是…」在房間中，雷拿著電話說︰「是，我明白了。」
他掛掉電話並起身走到窗邊，他自言自語說︰「哼，接到個麻煩任務。」
這時有人敲門…
「來了。」雷去開門後發現門外站著三個人，是真嗣﹑明日香和綾波。
「啊？你們怎麼來了？」雷驚訝道
『甚麼怎麼來了？當然是找你一起去上課啊！』明日香大聲說
「好﹑好，拜託妳別那麼大聲。」雷揉著耳朵說
『誰管你。』
在路上……
「雷同學，那件事情之後你怎麼了？」真嗣問雷
「三號機被封鎖，我現在只是名義上的駕駛。」雷回答
「這樣啊？」
「對啊。」
沉靜……
「對了，你們的機體都還好吧？」雷問
『托你的福，我的二號機頭部受損。』明日香不滿的說
『零號機的左臂需要再生……』凌波暗暗的說
「初號機只是中彈和部份受損而已。」真嗣說
「啊？是這樣喔？」
「沒關係啦！反正我們也知道動手的不是你，但……」真嗣說到這，他語氣開始陰沉起來︰「但初號機為何會中彈…這可不關使徒的事吧？」
聽到真嗣這樣講，雷轉頭到一旁說︰「呃……這……我不知道……」
「是嗎？」
「……對……」
「好。」
到了學校……上課鐘響後
老師走了進來，但走來的老師不是平常的老師，而是……美里小姐？
『哈囉！大家好！我是你們的新班導，我叫葛城美里，請多指教囉！』
【啊勒？】四人一樣的反應
『還有，今天班上也有新同學』
【啊？】
『妳進來吧。』
從門外走進來一名女生，在她走進來時，班上男生都被她的樣貌所吸引，但只有雷沒做任何表情，他只有的看著轉學生。
『大家好！我叫作楓！請各位多多指教！』
在充滿活力的自我介紹後，班上男生（除了雷和真嗣）都被她迷住了
『妳的位子……』美里看著座位說︰『妳就坐在雷的旁邊吧。』
「诶？」
楓坐好後，她對雷說︰『請多指教。』
「請多指教。」
下課後……
「楓同學！要不要我帶妳去認識環境？」
「楓同學！妳以前住在哪裡？」
「楓同學！……」
一下課，班上男生都到楓的座位旁…
『那個……雷同學？』
「怎樣？」
『你可以帶我去認識環境嗎？』
「好啊。」
【甚麼！！】在場男生喊︰【雷！！】
在雷他們逛到頂樓時……
在雷看了下四周後，她對楓說︰「好久不見啊，楓。」
『對啊，有四年不見了呢。』楓靠著欄杆說
「是怎樣？總部命令妳來的嗎？」
『對啊，總部要我來盯著你。』楓接著說︰『他們可沒忘記你之前發生的事。』
「之前的事？妳都知道啊？」
『廢話，你別忘了我是在情報部的。』
「也對。」
在安靜一下後，楓問雷︰『那……你現在怎樣？』
「我在NERV內收集情報，還有駕駛EVA。」
『我不是問任務的事，我是問你……你現在過的怎樣』
「普普通通，除了之前被圍在亞斯多星之外，沒甚麼。」
『我也不是問你這個……』
「要不然是甚麼？」
『就是……』楓紅著臉說
這時，警報突然響起……
「使徒！」雷大喊
雷馬上跑去找真嗣他們，留下楓一個人站在那…
此刻在NERV本部……
「全員就第一種戰備位置，準備地對空迎擊。」東月問到︰「目標呢？」
「目前正在進攻中，突破駒之岳防衛線了！」青葉看著顯示器立即回報
面對在空中移動的使徒，迎擊系統展開猛攻。
猛烈的炮火集中在使徒身上，然而，並沒有任何效果……
使徒侵入了第三新東京市上空區域……
使徒的雙眼一閃，大樓街道發生了爆炸，巨大的十字架般火柱至直衝雲霄……
「第一至第十八號裝甲損壞」日向以不敢相信的語氣說︰「有十八層的特殊裝甲竟然在瞬間被……！？」
在雷他們到NERV本部後……
『EVA的地上迎擊來不及！』美里大喊，她接著說︰『將二號機配置於地下都市，用本部設備直接支援！』
二號機出擊。
『命令明日香在目標侵入地下都市的瞬間展開狙擊。』美里說到
美里向律子確認零號機的情況『左臂的再生還沒有好。』律子回答她
『無法戰鬥嗎？』美里低聲說
「讓初號機和三號機出擊。」源堂下達指令
『三號機？牠不是被封鎖嗎？』美里說
「解除三號機的封鎖。」
『是！』摩耶說
『雷﹑真嗣！出擊』美里喊
【是！】兩人回答
雷和真嗣坐上插入栓後，初號機和三號機啟動…
『EVA初號機﹑三號機，出擊！』
在三號機出擊時，冬月問源堂︰「碇，讓三號機出擊沒問題嗎？」
「當然没問題。」源堂回答他
此時使徒的攻擊越來越激烈，第三新東京市陸續有火柱往上衝。
【ALERT】警報顯示器閃爍了起來，爆炸的聲音在發令所內響起…
「不行了！！在一擊的話就會將全部的裝甲完全破壞！」青葉叫道
『就看你們三個了……』美里低聲說到。這時候使徒發出的光線破壞了最後一片裝甲板……
使徒入侵了……


EVANGELION(二)完