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依據產業創新條例授權訂立之公司研究發展支出適用投資抵減辦法(以下簡稱研發投抵辦法)第12條規定，公司從事研究發展支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月至申報期間截止日內，檢附相關文件向中央目的事業主管機關(以下簡稱主管機關)申請研究發展活動之認定。

公司研究發展活動須經主管機關認定符合研發投抵辦法第2條及第3條規定，始得適用投資抵減之奬勵，故會計年度屬曆年制之公司，應於102年2月起至5月底止，檢具研發投抵辦法第12條第1項規定之相關資料，向主管機關申請認定；另公司若有
(一)專為用於研究發展所購買或使用之專用技術；
(二)專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統；
(三)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用；
(四)公司與國內、外公司共同研發等之支出須申請專案認定者，應與研究發展活動認定之申請案併案向主管機關提出申請。申請日之認定以送達主管機關之日或交郵當日之郵戳為準。

公司101年度如欲適用產業創新條例之研究發展投資抵減，請於規定期限內，向主管機關提出研究發展活動及專案支出認定之申請，以免影響適用投資抵減之權益。