依據產業創新條例第10條第2項之授權規定，經濟部與財政部於99年11月8日會銜發布之「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」（以下簡稱抵減辦法），經實施一年後，為簡化公司研究發展活動及專案項目向中央目的事業主管機關（以下簡稱主管機關）申請認定之程序，財、經兩部再於100年12月27日會銜修正發布抵減辦法部分條文。
依據修正後抵減辦法，公司研究發展支出專案認定與研究發展活動審查認定，應併案申請且申請期限一致，均為辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內；故公司101年度營利事業所得稅結算申報，如欲適用產業創新條例第10條研究發展支出投資抵減租稅優惠，應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至截止日內（以會計年度採曆年制之公司為例，申請期限為102年2月1日至5月31日），檢具有關文件向主管機關申請研究發展事實之認定，始取得適用投資抵減租稅優惠之基本資格。
另公司如有下列4項費用，欲申請適用抵減時，應於費用發生當年度或首次分攤支出之年度（曆年制101年度案件，為101年度發生之費用），於公司研究發展活動審查認定之申請期限（102年2月1日至5月31日）併案向主管機關提出專案認定。
1、 專為研究發展購買或使用之專用技術之當年度攤折或支付費用。
2、專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。
3、 經主管機關專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
4、 公司與國內、外公司共同研究發展所為之支出。

欲適用前述抵減辦法之公司，目前即可著手進行相關應檢附文件的準備工作，並於抵減辦法規定期限內向主管機關申請研究發展活動之審查認定及專案認定，以免因疏忽使權益受損