雖說芹沢鴨之死是新選組「自清」的結果，但此時長州派維新志士在京都的活動確實愈來愈不能忽視了。

元治元年（1864）6月，新選組逮捕了一名叫古高俊太郎的可疑商人，並在店裡發現了大量武器和長州藩的往來書信；在土方的嚴刑拷問下，古高供出了長州藩的企圖──打算趁祇園祭前的強風及烈日在皇宮放火，製造混亂，並將當時的天皇孝明挾持到長州。

為了阻止長州的陰謀，新選組決定採取搜索行動，偏偏在這個重要時刻，山南卻病倒了。女主角さくら遂奉局長近藤勇之命，留在屯所照顧山南，並隨時注意長州派會否有奪回古高的行動。

這天夜裡，新選組與尊王攘夷派在池田屋發生了激烈的戰鬥，史稱「池田屋事件」。尊王攘夷派的重要人物如吉田稔磨、宮部鼎藏等在此役中死亡，重重打擊了他們的士氣，有說法認為明治維新因此延遲了一年。

山南此後一直沒有參加新選組的行動，大部份的心力都放在學堂的孩子們身上，因為他相信訴諸武力並不是建設未來日本的唯一方法，期望能透過對未來主人翁們的教育改變日本。

然而，土佐藩士的挑釁行為，卻迫使山南放棄了自己對未來的規劃。

幾個土佐藩士以山南未參加池田屋事件而譏笑他膽小，還說如果伏擊他，他一定只能跪地求饒。山南的學生小六偶然聽見了這話，大表抗議，因為在他的心裡，山南是個頂天立地的男子漢，這些譏笑老師的傢伙才是膽小鬼！這些土佐藩士聽見小六的反唇相譏，一氣之下便斬殺了他。

山南聽說小六因替自己辯護，而遭到土佐藩士斬殺，又是傷心又是氣憤，遂與兇手決鬥，並殺死對方為小六報仇。但他認為自己的行為不只給新選組帶來麻煩，也違背了對孩子們的身教，於是向近藤自請切腹的處分，並結束了山南塾的教學。

臨死前，山南對さくら訴說了最初也是最後的告白，還有曾經期望與她共度一生的夢想。只可惜，這一切都將因為他的選擇而成為泡影。但他仍然相信，他所深愛的人，必定會理解他的選擇。

山南死後，さくら決定退出新選組，繼承了他教育後學的理想，為締造新日本而奮鬥下去。

其實，我一開始玩的時候，在近藤勇和沖田總司之間猶疑不定，但玩著玩著突然覺得山南的造型看起來也不錯，所以就中途轉向了。但我怎麼也沒想到，他的故事竟是最短的一個！

當我玩完山南結局的時候，對老公說：「男主角切腹自殺了耶。」於是老公就問我，難道沒有Happy Ending嗎？（一般戀愛遊戲會依玩家選擇而有Happy Ending、Bad Ending的分別，甚至有的還有Better Ending~~多半是「朋友」類的結局）不過，在本作的Extra中有個Playback的功能，可以重覆玩經歷過的事件，其中每個人的結局只有一種，所以應該就只有這種吧……這麼說來，就我所知，許多隊士最後的下場都很悲慘，難道這個遊戲就是定調在「悲戀」嗎？這恐怕要多玩幾個才知道了吧！