採收後的果實一定要立刻進入處理程序，否則會開始發酵，使咖啡豆產生異味。

正確方式應該只採收紅透的，而這必須用人工採收才可能做到，於是頂級咖啡豆的價格自然比較高。果實中有四層物質：厚硬的外層表皮、果肉或咖啡殼、羊紙皮和銀皮。要將咖啡果實變成咖啡豆，必須執行兩項手續。首先，去果肉只留下種子；第二，要讓新鮮水分的豆子乾燥到只剩大約12%的濕度。大約濕度在10&到12%左右，咖啡豆是穩定的，可以做運送，能夠保存數月也不會流失主要的風味。

處理過程分別為：日曬法、水洗法、乾燥與水洗兼具的半水洗法。

日曬法因使用自然陽光來乾燥咖啡的果實和生豆，又稱「自然乾燥法」。過程中使用人工和自然的處理方法，所以日曬的豆子在外觀上看來較不整齊，賣相較不討好。因為曝曬的地方可能不只有曬咖啡豆而已，所以偶爾會在日曬豆中發現夾雜有玉米之類的穀類。因為照射大量陽光，加上整個過程中果肉都沒有與咖啡豆分哩，因此咖啡豆吸收許多果肉與陽光的精華，喝起來口味複雜、質感較為狂野。

水洗法中，果實是在流動的水流中依照密度來作分離。成熟的果實密度跟水幾乎是一樣的，未成熟的果實以及石頭則會沉到水底。其他像樹葉樹枝等的雜質則會浮在水表面，將其去除後會剩下多肉的成熟果實。接下來去除果肉，使用機器將果皮與果肉除去，只剩下包著內果皮的咖啡豆。這時，豆子的外面還有一層黏膜，水洗的過程就是要乾淨這層黏膜。水洗法會在浸泡程序時淘汰掉一些品質不良的豆子，所以水洗豆的大小會比較平均，又因為果肉附著的時間不長，未到通常比較乾淨。

半水洗法，這是結合日曬與水洗的處理方式，先以水洗法將果肉與果皮去掉，接下來用乾燥法讓附著著黏膜的咖啡豆完全乾燥，然後將已經乾燥的咖啡豆弄濕，用機器將殘留的黏膜打掉，之後便可以烘乾儲存了。印尼蘇門達臘的曼特寧咖啡也是使用半洗式的處理方法，他們利用陽光曬乾果實，接著再用熱水洗掉外果皮。這樣，種子能在果肉中充分發酵，生產出調性沉穩且醇度頗佳的咖啡。