「少々、お待ちください」という表現に、特に問題はないと思います。

　一般に「少々」は命令文においては用いられにくい傾向にあり、「少々頑張ってください」は許容できない文であると言えます。しかし、「少々」は量を表す場合には命令文に出現し、ご指摘の例では「少々」は時間という量として捉えられるものを表しているので、「少々、お待ちください」という文にはなんら不自然なところはありません。とはいえ、これは「少々」に限って言えることではなく、「少し」に関しても事情は同じです。ですから、「少々、お待ちください」「少し、お待ちください」も、文法的には等しく正しい文であると言えましょう。

　ただし、どのような表現を用いることが望まれるかは、その場その場で異なります。会社によっては「少し、お待ちください」という表現が望まれることもあるようです。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　ＡＬＣにより