拿黃豆來說，黃豆蛋白質含量高，但它存在著胰蛋白酶抑制劑，其營養受到限制。而黃豆芽中，蛋白質被水解，變成氨基酸和多?。此外，黃豆中不能被人體吸收的易引起腹脹的水蘇糖等寡糖，在黃豆芽中基本消失，避免了吃黃豆後腹脹。

黃豆發芽過程中由於酶的作用，鈣、磷、鐵、鋅等礦物質元素被釋放出來，這將大大增加人體對黃豆中礦物質的吸收。黃豆發芽後，胡蘿卜素可增加1-2倍，維生素B2可增加2-4倍，維生素B12是大豆的十倍，維生素E的三倍，葉酸等物質也成倍增加。

自然培育的豆芽，芽身挺直，白嫩稍細有須根。許多人喜歡挑選無須根、莖短粗、頂芽小的豆芽。其實是個誤區。無根豆芽在培育時加入了一種叫「除草劑」的化學制劑。如果孕婦長期攝入這種豆芽，容易導致胚胎畸形。兒童長期食用則會影響智力發育。挑選時還要注意，豆芽芽體長到3—5厘米為宜，並不是越長越有好。為了安全起見，豆芽買回后先用清水浸泡後再烹調。