非櫃裝之海運一般轉口貨物須裝櫃者，運輸業者應事先以「轉口貨物裝櫃（盤）申請書兼計畫表」書面載明貨物名稱、數量向海關申請，經核准後，於關員監視下在轉口貨物專用倉（區）或其他經海關核准之場所辦理裝櫃，並依海關徵收規費規則之規定徵收特別監視費。裝櫃後，運輸業者應另將貨櫃及封條號碼載明於轉運申請書並填具貨櫃清單及貨櫃（物）運送單，向海關申辦移轉口貨櫃專區手續。但移儲於同一管制區內之轉口貨櫃專區內者，免填貨櫃（物）運送單。

櫃裝海運一般轉口貨物在集散站（或碼頭專區）存放、移動及處理，依下列規定辦理：

（一）經海關通知辦理加封電子封條、儀器查驗等事項者，運輸業者或倉儲業者應配合辦理。（二）集散站（或碼頭專區）應劃定特別區域用以堆置轉口之實貨櫃，不得與裝運進出口貨物之貨櫃相混雜，必要時海關得要求加設隔離設施。但其儲位以電腦控管並提供海關線上查核經海關核准不分區存放者，不在此限。（三）轉口之實貨櫃無須加裝、分裝或改裝，且其裝載之貨物亦無須重整者，於卸存期間，不得拆櫃卸貨進倉。（四）轉口之實貨櫃須加裝、分裝或改裝，或其裝載之貨物須重整者，運輸業者應事先以「轉口貨物裝櫃（盤）申請書兼計畫表」或重整申請書載明貨櫃號碼、封條號碼及貨物品名、數量、標記等向海關申請，經核准後，於集散站（或碼頭專區）或進口貨棧內之轉口貨物專用倉或其他經海關核准之場所辦理，海關於必要時得派員查核。（五）運輸業者及倉儲業者皆為安全認證優質企業，且事先以書面方式聯名向海關報備者，得逕行於倉儲業者之轉口倉庫辦理前款作業。作業完成後，檢附前款書面文件辦理進口艙單更正作業。