日本禪宗，是鐮倉時代自中國傳入的大乘佛教禪宗宗派，由於獲得鐮倉幕府支持，形成日本歷史上特有的佛教禪宗系統。

幕府以日本武士的領導者身份，取代平安時代的公家貴族執政，幕府將軍崇尚以“忠君、節義、廉恥、勇武、堅忍”為核心的思想，結合儒學、佛教禪宗、神道教，形成日本武士階層的道德規範“武士道”。日本的茶道、插花、武術、傳統文學等，皆受到日本禪宗很大的影響。

1187年，日僧明庵榮西於中國受傳臨濟宗黃龍派心印，歸國後大興臨濟宗禪法，1202年創建京都建仁寺。

1246年，南宋禪師蘭溪道隆至日本，傳入臨濟宗楊岐派禪法，並於1253年創建鐮倉建長寺。

1223年日本道元禪師入宋，從學於天童山曹洞宗如淨禪師門下，傳回日本，1246年建立永平寺，提倡“只管打坐”，為日本曹洞宗的開始。

20世紀初，鈴木大拙向西方傳播禪宗思想。但總的來說，鈴木大拙所傳播的禪宗思想更多是一種生活哲學，而非世界觀哲學，更適合大眾口味，因此也被一些禪宗人士認為是“皮毛禪”。

另外除了傳統的宗教、哲學研究之外，日本還有一批民間的文藝界人士宣揚他們理解的"禪"，例如地下音樂界的“噪音禪”等。

日本禪宗現主要有曹洞宗、臨濟宗、黃檗宗（1654年福建臨濟宗黃檗山萬福寺隠元隆琦應邀赴日所傳）。 

(1)日本曹洞宗在鐮倉時代，西元13世紀初，日本道元禪師入宋，從學于天童山曹洞宗如淨禪師門下，傳回日本，建立永平寺，提倡“只管打坐”，為日本曹洞宗的開始。本山是永平寺（福井縣）和總持寺（橫濱市）。 

(2)日本臨濟宗在1187年，日僧明庵榮西將黃龍派引入日本，使臨濟宗在日本得到極大發展。1246年中國僧人蘭溪道隆東渡日本，又傳去楊岐派禪法。

日本鐮倉時代禪宗24派中，有20派出于楊岐派系。20世紀80年代，日本臨濟宗信徒逾500萬人。而臨濟宗對日本的茶道，書法，武術，繪畫，文學，建築，能樂，連歌，園藝，料理等都有很大的影響。最有名弟子是北條時宗。

日本臨濟宗派系 

1.建仁寺派--1202年（建仁2年），始於日本臨濟宗之祖榮西。大本山是京都的建仁寺。

2.東福寺派--1236年，始於圓爾（弁圓）。本山是京都的東福寺。戰國時代，毛利家的外交僧安國寺惠瓊屬於此派。

3.建長寺派--1253年，始於蘭溪道隆。本山是鐮倉的建長寺。

4.圓覺寺派--1282年，始於無學祖元。本山是鐮倉的圓覺寺。

5.南禪寺派--1291年，始於無關普門。本山是京都的南禪寺。

6.國泰寺派--1300年頃，始於慈雲妙意。總本山是富山縣高岡市的國泰寺。由山岡鐵舟在明治時代再興。

7.大德寺派--1315年，始於宗峰妙超。本山是京都的大德寺。因室町時代的應仁之亂而荒廢，由一休宗純復興。

8.妙心寺派--1337年，始於關山慧玄。本山是京都的妙心寺。塔頭寺院有桂春院・春光院・退藏院等。末寺有3,400餘寺，臨濟宗的最大宗派。

9.天龍寺派--1339年，始於夢窗疏石。本山是京都嵐山的天龍寺。

10.永源寺派--1361年，始於寂室元光。本山是滋賀縣東近江市的永源寺。末寺以滋賀縣為中心約150寺。明治13年（1880年）以前屬於東福寺派。

11.向嶽寺派--1378年，拔隊得勝入甲斐國。1380年，創立向嶽庵（向嶽寺）。本山是山梨縣甲州市的向嶽寺。

12.方廣寺派--1384年，始於無文元選。本山是濱松市北區引佐町的方廣寺。末寺以靜岡縣為中心約170寺。明治37年（1904年）以前屬於南禪寺派。

13.相國寺派--1392年，始於夢窗疏石。本山是足利義滿在京都建立的相國寺。末寺在日本各地約100寺。鹿苑寺（金閣寺）・慈照寺（銀閣寺）屬於此派。

14.佛通寺派--1397年，始於愚中周及。本山是廣島縣三原市的佛通寺。末寺以廣島縣為中心約50寺。明治38年（1905年）以前屬於天龍寺派。

15.興聖寺派--1603年，始於虛應圓耳。本山是京都的興聖寺。昭和28年（1953年）以前屬於相國寺派。 

(3)黃檗宗是日本佛教的一個宗派，其規模僅次於臨濟宗和曹洞宗。其本山為京都府宇治市的萬福寺（山號黃檗山）。黃檗宗的名字來源於唐代僧人黃檗希運和福建福清的黃檗山萬福寺。
1654年，福清萬福寺的臨濟宗僧人隱元隆琦受邀前往日本弘法。
1740年，被和僧龍統元棟聘為住持。隱元參照圓爾、無學祖元等無准師範一系的臨濟宗學說，創立了自己的宗派，命名為“臨濟正宗”。其宗風融合了華嚴宗、天臺宗、淨土宗等宗派，具有明代的禪宗特色。在江戶幕府的保護下，黃檗宗得到了各地大名的支持。隱元隆琦的法孫鐵眼道光又致力於社會公益和民間教化，其勢力逐漸壯大。
1874年，日本明治政府教部省將“禪宗”定為臨濟、曹洞二宗，強制下令將“黃檗宗”更名為“臨濟禪宗黃檗派”。
從1876年起，黃檗宗正式從禪宗中獨立出來。