不過當時曹操要殺孔融其實也不是很簡單的一件事情，畢竟直接得罪儒家系統是很不理智的，於是曹操用了兩個方法，曹操選在南征的時候叫手下去找孔融的罪名然後讓他合法而死，簡單來說就是找手下去搞死孔融，自己裝作不知情的模樣，孔融死後，曹操又發現一篇孔融寫得不孝文章，內容是說父母對子女其實沒有恩情可言，因為子女是父親發洩性慾的副產品，而母親懷胎十月好像很辛苦，但就像是瓶子往外倒出東西一樣，瓶子怎麼會對這東西有什麼恩情可言？

其實孔融當時的原意是要嘲諷一些「偽儒家」、「偽道德」的腐敗儒家偽君子，曹操用不孝罪來摧毀孔融在儒家的名節與地位這招很猛，因為儒家系統不孝可是大罪，除了不孝還有不忠，當然很多都是故意誣賴的，不過這也導致儒家系統不敢直接幫孔融恢復名聲，也因為這樣導致孔融在很多正史的形象都不優就是這原因。

後漢書更評價孔融此人「發辭偏宕，多致乖忤」。

繼續回到太史慈身上，不久之後黃巾賊作亂，孔融被下令去對付黃巾賊，出兵屯於都昌，立刻被黃巾軍賊領管亥所圍困。

這時太史慈剛從遼東返家，母親立刻他說：「雖然你和孔北海未嘗相見，但自從你出行後，孔北海對我贍卹殷勤，比起故人舊親，有過之而無不及；他如今方為賊軍所圍困，你應該前往起身幫助孔北海。」

於是太史慈遵照母親的命令，留家三日後，便獨自前往都昌而行。

雖然黃巾賊已經包圍城，不過對武力值超高的太史慈這不是問題，乘著夜色就爬進城裡了，順利見到孔融。

太史慈立刻孔融說立刻出兵迎擊黃巾賊，因為太史慈知道這些黃巾賊數量雖然多但是素質很差，只要官兵敢出戰這些黃巾賊自然就會散了，不過孔融不答應，堅持要等到援兵到來，太史慈無奈只能陪孔融等下去，然而援兵始終沒來，黃巾賊也越來越多，孔融也著急了，於是想起平原相劉備，不知道為何孔融好像很肯定劉備一定會幫忙這種信任是從那來就是了。

畢竟當時劉備的勢力非常小。

不過這時黃巾賊的包圍網已經非常嚴密，所以沒人敢接受突圍求救的命令，這時太史慈就跳出來說我可以。

孔融不好意思著說：「現今賊軍圍困甚密，眾人皆說難以突圍，你雖有壯志，但這始終是太艱難的事了？」

太史慈答道：「昔日大人傾意照料家母，家母感戴大人恩遇，方才讓我來相助大人之急；這是因為我應有可取之處，此來必能有益於大人。如今眾人說不可突圍，如果我也說不可，這樣豈是大人所以愛顧之情誼和家母所以遣我之本意呢？如今情勢危急，希望大人不要懷疑我。」

孔融聽到之後終於同意其事。

當然太史慈也不是找死，也沒有傻傻直接衝出去，而是先麻痺黃巾賊的防備之心，太史慈等到天明之後，帶上箭囊，攝弓上馬，並引著兩騎馬自隨身後，各撐著一個箭靶，直接開城門出去。

黃巾賊發現之後立刻兵馬圍上來防止太史慈衝殺出去。

可是太史慈卻只引馬來至城壕邊，然後插好箭靶，進行射箭練習，練習完之後就入門回城。

就這樣持續了幾天之後，黃巾賊開始麻痺不防備太史慈了。

太史慈知道時機已經到了立刻快馬突出重圍，雖然還是有人發現，不過通通都被太史慈用弓箭射殺，最後就讓太史慈順利脫逃了。

接下來太史慈抵達平原郡，並且出乎意料很容易就說服劉備去援救孔融。

劉備說救就救一點都不敷衍，派遣精兵三千人隨太史慈返回都昌。

黃巾賊知道援兵已到，立刻逃散而走。

孔融得救之後，更加對太史慈佩服且說道：「你真是我的少友啊。」

之後太史慈其母也說：「我很高興你有報答北海孔融啊！」

不過世事難料，之後袁譚攻擊孔融，孔融打輸離開北海，先是逃到山東一帶，後來知道漢獻帝遷都許昌就跑去許昌，然後就得罪曹操被滿門抄斬了。

太史慈也離開遼東，太史慈本因為想幫同為東萊郡的揚州刺史劉繇，於是來到曲阿。

剛好這時孫策的大軍也到，

有意思的是當部下勸告劉繇可以太史慈為大將軍，劉繇卻說：「如果我重用太史慈，許劭不會取笑我嗎？」

許劭是東漢時期的名嘴，跟堂兄許靖在年輕時，每個月都會舉辦月旦評的人物品評會，影響力傳遍天下，就連曹操也在橋玄的引薦之下，得到著名的「治世之能臣，亂世之奸雄」的評價。

這時期的許劭因為避難跑到劉繇身邊當幕僚。

許劭其實心裡知道太史慈是有能力的人，不但是有名的神箭手，也知道太史慈救援孔融的事件，證明其實戰能力很強。

不過許劭出身名門世家，門戶之見很重，加上軍閥亂世，很看不起軍人和宦官，據說當年是曹操威脅許劭，許劭才願意評鑑曹操。