日本海上保安廳指控我國立海洋大學「海研二號」研究船在沒有事先申請的情況下，進入日本沖繩縣(波照間)島西南方的經濟海域進行海洋調查，經過我方初步了解，這艘研究船可能還在附近海域，不過，我外交部也表示，日方宣稱的經濟海域，也在我方所主張的200浬經濟海域範圍內，和日方主張的經濟海域重疊，重疊的問題目前雙方還在協調。
由於才發生海軍168艦隊演習時離開我國防空識別區，艦隊長張鳳強少將遭懲處的事件，馬總統昨天在「中日和約」簽署60周年紀念活動上，提出「東海和平倡議」，這個研究船進入日本經濟海域的事件，也相當受到矚目。
亞東關係協會副秘書長(蘇啟誠)表示，根據初步了解，日方曾以廣播方式，希望「海研二號」研究船駛離，但這個海域也屬於我方主張的200浬經濟海域，和日方主張的經濟海域重疊，是個存在已久的問題，仍然有待雙方協商。
研究船闖日經濟海域？ 海大：模糊水域
自由時報 – 2012年8月6日 上午4:38〔自由時報記者俞肇福／基隆報導〕日本「讀賣新聞」 報導，台灣海洋大學轄下研究船「海研二號」昨天下午一點零五分左右在日本沖繩波照間島南南西方進入日本經濟海域，「海研二號」被日本海上保安廳飛機盯上，日方詢問「海研二號」意圖，船上人員答以海洋調查，旋即被日方要求離開。
海大校方人員表示，接獲記者電話查詢前，學校並未接到海研二號船上人員求救訊息，且從船跡圖來看，船隻尚在移動中，應該並未被日方扣留；校方隨即於十一點五十五分撥打衛星電話跟船上領隊確認，船上人員安全無虞。
海大校方人員說，「海研二號」是八月四日凌晨零點從基隆出海，預定八月七日深夜十點返回基隆；此次所進行的是年度例行「東海計畫」海域監測研究，領隊是海大海洋環境化學與生態研究所老師周文臣，船上連同研究員、測量人員、船長等近二十人。
校方表示，日方強調我方「海研二號」侵入日本經濟水域，而那個地方其實是模糊地帶，日方所謂我國未提出申請，但其實海大學者與日本學者有共同東海研究計畫，雙方學術上有互相往來；只是這個部分大家都未搬上檯面明說，學校表示，為了不打擾研究工作，將等船隻返航後再行了解。