“木馬”程序會想盡一切辦法隱藏自己，主要途徑有：在任務欄中隱藏自己，這是最基本的只要把Form的Visible屬性設為False、 ShowInTaskBar設為False，程序運行時就不會出現在任務欄中了。在任務管理器中隱形：將程序設為“系統服務”可以很輕松地偽裝自己。當然它也會悄無聲息地啟動，你當然不會指望用戶每次啟動后點擊“木馬”圖標來運行服務端，，“木馬”會在每次用戶啟動時自動裝載服務端，Windows系統啟動時自動加載應用程序的方法，“木馬”都會用上，如：啟動組、win.ini、system.ini、注冊表等等都是“木馬”藏身的好地方。下面具體談談 “木馬”是怎樣自動加載的。
　　在win.ini文件中，在[WINDOWS]下面，“run=”和“load=”是可能加載“木馬”程序的途徑，必須仔細留心它們。一般情況下，它們的等號后面什么都沒有，如果發現后面跟有路徑與文件名不是你熟悉的啟動文件，你的計算機就可能中上“木馬”了。當然你也得看清楚，因為好多“木馬”，如 “AOL Trojan木馬”，它把自身偽裝成command.exe文件，如果不注意可能不會發現它不是真正的系統啟動文件。
　　在system.ini文件中，在[BOOT]下面有個“shell=文件名”。正確的文件名應該是“explorer.exe”，如果不是 “explorer.exe”，而是“shell= explorer.exe 程序名”，那么后面跟著的那個程序就是“木馬”程序，就是說你已經中“木馬”了。
　　在注冊表中的情況最復雜，通過regedit命燒肉令打開注冊表編輯器，在點擊至：“HKEY－LOCAL－ MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”目錄下，查看鍵值中有沒有自己不熟悉的自動啟動文件，擴展名為EXE，這里切記：有的“木馬”程序生成的文件很像系統自身文件，想通過偽裝蒙混過關，如“Acid Battery v1.0木馬”，它將注冊表“HKEY－LOCAL－ MACHINESOFTWAREMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下的 Explorer 鍵值改為Explorer=“C:WINDOWSexpiorer.exe”，“木馬”程序與真正的Explorer之間只有“i”與“l”的差別。當然在注冊表中還有很多地方都可以隱藏“木馬”程序，如：“HKEY－CURRENT－ USERSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”、“HKEY－ USERS＊＊＊＊SoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”的目錄下都有可能，最好的辦法就是在 “HKEY－LOCAL－MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下找到“木馬”程序的文件名，再在整個注冊表中搜索即可。
　　知道了“木馬”的工作原理，查殺“木馬”就變得很容易，如果發現有“木馬”存在，最安全也是最有效的方法就是馬上將計算機與網絡斷開，防止黑客通過網絡對你進行攻擊。然后編輯win.ini文件，將[WINDOWS]下面，“run=“木馬”程序”或“load=“木馬”程序”更改為“run=” 和 “load=”；編輯system.ini文件，將[BOOT]下面的“shell=‘木馬’文件”，更改為：“shell= explorer.exe”；在注冊表中，用regedit對注冊表進行編輯，先在“HKEY－LOCAL－ MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下找到“木馬”程序的文件名，再在整個注冊表中搜索并替換掉“木馬”程序，有時候還需注意的是：有的“木馬”程序并不是直接將“HKEY－LOCAL－ MACHINESoftwareMicrosoft台北燒烤WindowsCurrentVersionRun”下的“木馬”鍵值刪除就行了，因為有的“木馬” 如：BladeRunner“木馬”，如果你刪除它，“木馬”會立即自動加上，你需要的是記下“木馬”的名字與目錄，然后退回到MS－DOS下，找到此 “木馬”文件并刪除掉。重新啟動計算機，然后再到注冊表中將所有“木馬”文件的鍵值刪除。至此，我們就大功告成了。