1865年，西方人以醫療開啟了台灣近代宣教史，在中部以巴宰最具代表性，不但影響了埔里其他平埔聚落，也將信仰拓殖到邵族地區，並與鄰近的原住民部落成為姊妹教會。巴宰族人原本祭拜祖靈，在台中原鄉接觸漢文化後，又改信民間信仰，1871年烏牛欄社(愛蘭舊稱)潘開山武干（Kaisan.Buhkan）因打獵受傷輾轉從神岡大社送往台南長老教會醫院，經馬雅各牧師治癒而信奉基督。同年大社與愛蘭建立教會。他的家族則奉獻了大片土地建立基督教山地中心診所，即埔里基督教醫院前身。福音傳入愛蘭後，教會就成為聚落的核心，凡事都會透過教會通報大家。有喜事就會敲鐘；有喪事就會敲鼓，大家一聽到就知道有事情發生，全台地的族人都會放下手邊工作趕到教會去。

宣教師也將教育資源帶入巴宰。學會羅馬拼音，讓族人不分男女都可以在教會學習閱讀聖經和唱聖詩，也能在生活中運用。1904年日人在埔里設置2所公學校，「烏牛欄分教場所」就是其中一所。此外，族人相當重視的「番社精神」，正好與聖經的教導相同，「與喜樂的人同喜樂；與哀哭的人同哀哭」（羅馬書12:15），應是基督教順利在巴宰開展的重要原因之一。

「釘根本土」一直是是台灣基督長老教會的最大特色，教會扮演文化傳承的推手，並成為推動各項事務的據點，自1999年開始，每年11月間恢復舉辦傳統過年，並於2003年成立南投縣巴宰族群文化協會，巴宰族藉由教會的凝聚力，保存了文化；透過羅馬拼音，留下了文字紀錄與歌謠。愛蘭台地彷彿是上帝賜與的迦南美地，巴宰文化的種子再度深耕。