經營健保藥局者向藥廠（商）購買執行調劑健保處方業務藥品，應如何開立發票才符合實際?
財政部101年5月4日台財稅字第10100540820號令已有明確規範:
藥商銷售藥品與藥局，倘屬醫師處方藥品，核屬藥局執行調劑業務之進貨，藥商應依統一發票使用辦法第7條第1項第2款規定開立二聯式統一發票.
醫師藥師藥劑生指示藥品、成藥及固有成方製劑或其他貨物，則應依同條項第1款規定開立三聯式統一發票。

依財政部87年6月18日台財稅第871947546號函規定，藥局經營藥品調劑、供應業務之收入，係指藥局依醫師處方箋從事調劑業務之收入及經調劑後藥品供應之收入。另依藥事法第8條第2項、第50條第1項及同法施行細則第3條規定，製劑分為醫師處方藥品、醫師藥師藥劑生指示藥品、成藥及固有成方製劑；醫師處方藥品，須由醫師處方或限由醫師使用；須由醫師處方之藥品，非經醫師處方，不得調劑供應。準此，藥商銷售醫師處方藥品予藥局，應可認屬係銷售貨物與非營業人身分之執行業務者，得開立二聯式統一發票。至藥局銷售成藥、指示用藥或其他貨物之收入應依法課徵營業稅，其購入類此藥品或其他貨物應係屬其銷售貨物之進項，就藥商而言，則屬銷售貨物與營業人，應開立三聯式統一發票，藥局支付之進項稅額並得扣抵其銷項稅額。

藥商應依藥事法相關規定區分藥品類別，並據以開立統一發票，事後稽徵機關查獲藥局有違規轉售行為時，依行政罰法第7條第1項規定不予處罰藥商，惟藥局如涉及逃漏營業稅，仍應依加值型及非加值型營業稅法第51條規定核處，並將通報目的事業主管機關依法辦理。