營業人每期向主管稽徵機關申報營業稅時，如有以購買非供本業及附屬業務使用之貨物或勞務憑證所載之不得扣抵進項稅額扣抵銷項稅額者，經查獲，將依加值型及非加值型營業稅法第51條規定，除追繳稅款外，按所漏稅額處5倍以下罰鍰。

【舉例說明】
甲營業人於100年間取得營業項目登記為觀光旅館之○○股份有限公司發票共7張，進項金額為30萬元，申報扣抵銷項稅額15,000元，因發現該旅館營業地址在甲營業人附近，顯有異常。經查核營業人當年度帳簿及憑證，其取得該旅館開立之統一發票，係支付日商技術人員派遣來台提供技術住宿費，因日商人員來台，該營業人已支付相關費用，其僅代為接洽住宿事宜，住宿費實際由日商支付，故非屬甲營業人之費用， 其進項稅額自不得扣抵，依法除追繳已扣抵稅額外，並依規定裁處罰鍰。

營業人如有以不得扣抵之進項稅額扣抵銷項稅額者，在未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，應依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報補繳所漏稅款，以免遭到處罰。