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營利事業如有買賣有價證券，因目前證券交易所得停徵，應依照「營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法」分攤其相關之成本、費用或損失，計算相關損益，其可直接合理明確歸屬之成本、費用、利息或損失，應作個別歸屬認列；如無法歸屬之利息收入小於無法歸屬之利息支出，其利息收支差額應按免稅所得之平均動用資金比例占全體可運用資金之比例為基礎，採月平均餘額分攤計算之，亦即無法明確歸屬之利息收支差額，應按其月平均動用資金比率分攤予免稅所得。

【舉例說明】
甲綜合證券商99年度營利事業所得稅結算申報，於申報證券交易所得時，將帳載高額借款利息支出直接歸屬於經紀、自營及承銷部門，另將行政救濟加計利息6,500萬餘元亦全數分攤於經紀部門，且計算利息收支差額時，將屬經紀部門融資融券產生之利息收支納入比較，該公司表示其利息收入總額大於利息支出總額，無需分攤利息支出予免稅所得。該局以不符前揭辦法規定，經按利息收支來源分類，並依主管機關規範之部門別，屬經紀部門融資融券業務所產生利息收支應直接歸屬該部門項下，另行政救濟加計利息屬無法歸屬性質，經重新分類，無法明確歸屬之利息支出9,400萬餘元大於無法明確歸屬之利息收入300萬餘元，按其月平均動用資金計算後，應分攤予證券交易所得2,100萬餘元，故99年度營利事業所得稅經調整後補徵稅額357萬餘元。
公司辦理營利事業所得稅結算申報，如有免稅所得時，應注意相關規定，避免錯誤，造成徵納雙方困擾，甚而影響自身權益。