境外之國際運輸業將船舶以「計時」或「計程」方式提供我國營利事業所收取之收入，係屬經營國際運輸收入，其在中華民國境內之營業收入，應依下列方式之一辦理：
1. 境外國際運輸業之營業行為同時在中華民國境內及境外進行（如船舶航經我國港口），可依所得稅法第25條第2項第1款規定，按自我國境內承運出口客貨所取得之全部收入為中華民國境內之營業收入。
2.若無法劃分中華民國境內、外之營業收入時，得依財政部98年9月3日台財稅字第09804900430號令訂定發布之「所得稅法第八條規定中華民國來源所得認定原則」第10點規定，提供明確劃分境內及境外提供服務之相對貢獻程度之證明文件，由稽徵機關核實計算及認定應歸屬於中華民國境內之營業收入。
境外國際運輸業在中華民國境內之營利事業所得額之計算，若其在中華民國境內有固定營業場所或營業代理人，得依規定核實計算所得額，並申報營利事業所得稅；其在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人，應按給付額中屬於中華民國來源所得部分由扣繳義務人於給付時依規定之扣繳率扣繳稅款。惟境外之國際運輸業其成本費用分攤計算困難者，不論其在境內是否設有分支機構或代理人，得依所得稅法第25條第1項規定，自取得收入之日起5年內向財政部（目前授權各地區國稅局受理）申請核准，按其在中華民國境內營業收入之10%為中華民國境內之營利事業所得額，並依所得稅法第98條之1有關境外營利事業繳納稅款之規定繳納營利事業所得稅。
境外之國際運輸業將船舶以「光船」方式提供予我國營利事業所收取之收入，係屬在中華民國境內經營船舶租賃業務之收入，應由承租人給付租金時依法扣繳稅款；惟其成本費用分攤計算困難者，仍得依所得稅法第25條第1項規定，自取得收入之日起5年內向財政部（目前授權各地區國稅局受理）申請核准，按其在中華民國境內營業收入之10%為中華民國境內之營利事業所得額，並依所得稅法第98條之1境外營利事業繳納稅款之規定繳納營利事業所得稅。

高雄市國稅局表示，外國營利事業申請適用所得稅法第25條第1項規定計算所得額之申請書表格式，可至該局網站下載申請書。
網址：tax.nat.gov.tw（首頁 > 便民服務 > 書表及檔案下載 > 各稅常用書表下載（補充資料）>外國營利事業申請適用所得稅法第25條第1項計算所得額申請書）