依「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」第12條規定，公司從事研究發展支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，向中央目的事業主管機關申請當年度研究發展活動審認。也就是說，公司應在年度所得稅結算申報期限截止日（5月31日）前向經濟部工業局等主管機關提出研發活動審認之申請，至於因合併而消滅的公司決算期間研發活動的審認申請，則必須在其決算申報期限截止日前提出。

決算申報期限，依所得稅法第75條規定，營利事業遇有解散、廢止、合併或轉讓情事，應於解散、廢止、合併或轉讓日後45日內向國稅局辦理當期決算申報，所以合併消滅公司申請研發活動審認之期間，係自主管機關核准合併文書發文日起45日內，檢具有關合併文件向主管機關提出申請。

【舉例說明】
甲公司經董事會決議通過辦理合併事宜，取得主管機關核准文書之發文日為101年11月30日，甲公司除應依所得稅法第75條規定於102年1月14日前向國稅局辦理101年度營利事業所得稅決算申報外，並應於102年1月14日前向中央目的事業主管機關提出101年度研發活動之審認申請。

營利事業，提出研發活動審認申請後，辦理當年度營利事業所得稅決算申報時，更別忘了填寫申報書及租稅減免附冊相關頁次，才不會影響租稅獎勵的權益唷!!