納稅義務人爭執課稅處分認定事實錯誤，應依稅捐稽徵法第35條第1項規定申請復查，非屬得依同法第28條規定請求退稅之範疇。
某營利事業因不服該局課稅處分，申經復查遭駁回後，未於法定期間內提起訴願而確定，嗣該營利事業依稅捐稽徵法第28條第2項規定申請重新核定並退還溢繳稅款，經該局函復非屬適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤而致溢繳稅款，否准所請。該營利事業不服，提起訴願、行政訴訟均遭駁回，循予提起上訴，經最高行政法院判決該營利事業敗訴而告確定。

最高行政法院判決意旨略以，稅捐稽徵法第28條第2項規定係以課稅處分有適用法令錯誤或計算錯誤情事，致納稅義務人溢繳稅款為要件。該條所稱之「計算錯誤」，係指數字上之計算錯誤；另所稱「適用法令錯誤」，就法條之文義及立法目的觀之，應指稅捐稽徵機關對於其所認定之課稅經濟事實，有適用法律錯誤之情事而言，並不包括對於課稅之經濟事實有認定錯誤之情形。亦即稅捐稽徵法第28條第2項規定所稱之「適用法令錯誤」係指本於確定之事實所為單純適用法令有無錯誤之爭執，至於納稅義務人主張課稅處分認定事實錯誤，進而為適用法令錯誤之爭執，則應依稅捐稽徵法第35條第1項之規定，申請復查，非屬得依稅捐稽徵法第28條規定請求退稅之範疇。蓋以，若認稅捐稽徵法第28條第2項規定之請求，與同法第35條規定之行政救濟程序關於違法與適用法令錯誤，二者解釋相同，豈非於一般行政救濟程序外，又設第二次要件相同之行政救濟程序，終非立法之原意。再者，稅捐稽徵法第28條第2項所定「其他可歸責於政府機關之錯誤」，係關於政府機關本身課稅處分有適用法令錯誤或計算錯誤，及其他錯誤之發生，非可歸責於當事人而言，例如涉及課稅事實之要件，須其他政府機關出具之證明，而該證明有所錯誤，稅捐稽徵機關依此錯誤之證明作出課稅處分等情，不包含稅捐稽徵機關與納稅義務人間關於課稅事實上存否之實體爭執。

納稅義務人主張課稅處分錯誤進而適用法令錯誤之爭執，應備齊有關文據及證明文件依稅捐稽徵法第35條第1項規定申請復查，如仍不服決定，亦應依訴願法及行政訴訟法有關規定辦理，以免影響自身權益。