臺南市政府衛生局為保障市民食品安全及提振對食品安全之信心，103年度起各業務科（食品藥物管理科、衛生稽查科）分工合作，除加強稽查頻率外，更不定期至轄內食品工廠，全市各區傳統市場、超市、攤販，以及大賣場加強抽驗各類食品，檢驗是否符合食品衛生標準，另疾病管制科也至轄內營業場所，如游泳池業者、溫泉業者不定期進行稽核營業衛生及抽驗水質之工作，103年檢驗項目，包括殘留農藥、殘留動物用藥、食品摻偽西藥、中藥摻偽西藥、真菌毒素檢驗、食品重金屬、食品添加物、食品清潔劑之重金屬，游泳池水質衛生、溫泉水質衛生，以及傳染病梅毒、愛滋病…等，共檢驗高達64,693件，193,799項次，再創歷年抽驗數量新高，如將全數抽驗之檢體委外檢驗，以衛生福利部食品藥物管理署（TFDA）的收費標準來計算，103年的檢驗件數如全數委外所需經費為5千8百萬元，然全部皆由本局檢驗科自行獨力完成所有檢驗，只需花費1千5百萬元，已為市府撙節經費高達4千3百萬元。