德川氏的霸權建基於強力控制社會各方面,隨著控制力減弱,幕藩體制也動搖.

自給自足的稻米經濟是日本經濟基礎,隨著時間發展為貨幣經濟,幕府無法解決貨幣經濟帶來的危機,日漸衰弱.各地礦產量隨著不斷開發開始減少.只對清朝與荷蘭保持有限接觸使對外貿易利益始終有限.1657年江戶火災造成巨大損失及龐大復興費用,耗去大半庫存.另方面幕府開支卻有增無減.處特權階級的武士居住城市不事生產卻花費無度,生活奢侈令他們自陷財政困境.農業貢賦是幕府主要收入來源,但農業生產自捲入貨幣經濟後,削弱了幕府的統制能力.自城下町發展成熟,無論農民或武士必須用米換錢消費,商人得以在兌換中謀利,而兌換價的波動更使武士們頭痛不已.

在和平環境下,商業資本發展迅速,基本上操控了以江戶大阪為中心的日本經濟,武士由原來的支配者變成消費者,對商業資本的依賴更加削弱統制經濟的能力,結果幕府財政日益惡化.由於貨幣經濟影響,農民不理會禁令種植商品作物賺錢,幕府對此禁之不絕.幕府改革鼓勵開墾新田,然而需要大量資金的開發工作被豪強壟斷,結果財源並未被幕府掌握.此外農村貧富懸殊,自耕農沒落淪為佃農,原本應繳幕府的賦稅被地主等中間層侵蝕,結果幕府的經濟基礎已形崩潰.每當幕府財政緊張便增加農民賦稅,結果農民集體對抗政府,稱為一揆,甚至集體逃散,結果幕府既有財政困難又有農民一揆作亂,幾次改革又失敗,未能改善財政又喪失權威,統制力日弱.貧困的武士唯有私自經營手工業,勾結商人,甚至出賣武士身份,其中不乏將軍的御家人,至此武士主從關係也漸崩潰.

在思想方面幕府也同樣面對衝擊.朱子學雖強調忠君服從的倫理道德,但同時也主張尊王賤霸.江戶和平時期,武士用筆多過用刀,在研究日本史後,天皇的威權成為反對幕權的潛伏力量,在幕末被倒幕武士利用.此外陽明學漂洋日本,使日本人對儒學產生反思,加上在蘭學的發展使日本思潮發生巨大變化,西方科技日漸重要,思潮漸趨功利主義.幕府享保,寬政,天保三次改革失敗,財政負擔一直未能擺脫.相反,西南外樣大名,幕府傳統敵人卻改革成功變了雄藩,不再屈從幕府.

1853年美軍將領培里航日要求通商,挑起了日本國內矛盾.在政治上,幕府本身分裂為開國與鎖國二陣營,阿部正弘的改革又使外樣大名跳上政治舞台,干預幕府政權.面對培里的軍事壓力,幕府外不能拒敵,內不能拒外樣大名,甚至本身在對外政策的分歧及將軍繼嗣問題上的分裂已使幕府喪失權力核心地位.在幕府簽訂一系列條約後,幕府的懦弱受到猛烈責難,大老井伊直弼斷然鎮壓興安政大獄.至此幕府已成眾矢之的,倒幕勢力業已形成.在幕府被迫撤銷對外貿易設置的障礙後還協定了固定輸入關稅為貨物從價的5%.至此日本國內原料如生絲等被大量採購,成品如毛,棉織品則充斥市場,導致國內供求失衡物價暴漲.西方投機者利用日本與歐洲金銀比價差距大量用銀幣兌換日本黃金導致日本黃金大量外流,造成國內經濟混亂,幕府對此鑄造劣質金幣及調整匯價,結果使物價更加高漲.收到打擊的人均歸咎於幕府把西方人引進日本而憤恨不已,結果既激烈攘夷又倒幕,最後同尊王派合流成為倒幕的中堅.幕府不論在經濟又或是社會及思想上均失去了控制權,另方面卻興起了反對派的雄藩勢力及外國壓力,幕藩體制終於崩潰.