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密勒日巴尊者祖姓覺賽，因其祖父學習紅教的法要收服惡鬼山神時，發出恐懼的聲音「密勒」，密勒也有虔誠信仰的意思，所以當地的居民感激的稱呼密勒日巴尊者的祖父為密勒喇嘛，之後就改姓密勒。

密勒日巴尊者年幼時家境清苦，所以常常受到附近居民的羞辱，母親受不了村人的羞辱，於是叫密勒日巴尊者去學習邪法讓村民受到天災，但沒想到這個天災扼殺了全村多條人命，是個極大的惡業。之後，密勒日巴尊者後悔了，於是到處求正法，找到了人稱大圓滿的教授「雍登喇嘛」處求法，但雍登喇嘛覺得密勒日巴尊者的惡業實在太深太深，自覺能力不足，便告訴密勒日巴尊者前往大譯師「馬爾巴」處求更圓滿的法。

千辛萬苦的到了大譯師「馬爾巴」的住處，馬爾巴大師卻百般的刁難與折磨密勒日巴尊者，一會要求只能露宿荒野，一會要求一個人建蓋幾層樓高的經堂，最後密勒日巴尊者被折磨的全身傷痕，甚至傷口潰爛，但這些痛苦並不能削減密勒日巴尊者求取正法的決心。最後，馬爾巴大師告訴密勒日巴尊者：由於你所造的殺業太重，必須透過一些艱辛的大折磨來削減，於是就開始教導密勒日巴真正的佛法。日後，馬爾巴大師告訴了自己的上師「那洛巴」以及那洛巴的上師「帝洛巴」收了這個弟子，於是帝洛巴喜悅的讚嘆道：被黑暗覆蓋的西藏將再次展現光明。

馬爾巴大師將法要都傳給密勒日巴尊者之後，某天便圓寂了，之後的日子密勒日巴尊者便專心的修行禪定，尊者找到一個山洞之後在裡面打坐修行，由於怕人打擾，便自己將山洞的洞口用石頭堵住，禪坐時在頭頂放個油燈，並自我要求油燈尚未熄滅不得起身，肚子餓時便撿起附近的葉子食用，由於食用太多身體也變成了綠色（這也是有些密勒日巴尊者的畫像是綠色的原因）。

經過了幾年的禪修，密勒日巴尊者得到了確實的成就，並將修行方式傳給了後來收的弟子。密勒日巴尊者中有幾位像太陽與月亮般光芒的弟子，那就是惹瓊巴尊者與岡波巴尊者，惹瓊巴尊者是密勒日巴尊者的大弟子，非常注重自身的實修。岡波巴尊者是將法脈傳承下來的重要指導上師。岡波巴尊者有位非常出名的弟子，那就是第一世大寶法王「噶瑪巴」，之後藏傳佛教開始了轉世制度。遽聞，密勒日巴尊者是以虹化的方式圓寂，往生後的肉身漸漸的縮小最後消失。