４／１（第十一日）賽事

〔八強〕
平安（京都）０－８聖望學園（琦玉）
長野日大（長野）７－８千葉經大付（千葉）

平安對聖望學園之戰，聖望學園在二局下便以一輪猛攻連得４分，將平安先發投手打退，三局下同樣再添４分，相反地，聖望學園投手大塚則徹底封鎖平安打線，前五局就投出１０ｋ，還沒讓任何打者上壘，直到六局上平安才終於擊出安打，但已無力回天，終場聖望學園便以８比０大勝平安，初出場便打入四強。

長野日大對千葉經大付之戰，千葉經大付在前三局便攻下７分，以７比１領先到六局下，沒想到長野日大卻於七局上展開絕地大逆轉連得５分，八局上再追成平手，將比賽帶入延長賽，然而最後勝利還是屬於千葉經大付，十一局下在接連的觸身與四壞保送後，五棒久保田真一以一支安打，粉碎了長野日大的逆轉勝之路，也讓千葉經大付以８比７力克長野日大。

４／２（第十二日）賽事

〔八強〕
智辯和歌山（和歌山）０－２東洋大姬路（兵庫）
沖繩尚學（沖繩）４－２天理（奈良）

智辯和歌山與東洋大姬路兩所名校對決，東洋大姬路在三局下先馳得點，八局再靠著一支安打加三次犧牲打（其中包括一次野手選擇）再添１分，以２比０擊敗智辯和歌山，投手佐藤翔太連兩場完封，至今出賽３場２７局只失１分。

跟前一場的一面相反，沖繩尚學對天理之戰，雙方你來我往互不相讓，天理於二局下首開紀錄先得１分，沖繩尚學隨即於三局上連得２分逆轉超前，但天理又立刻在四局下追回１分扳成平手，五局上沖繩尚學又攻得１分再次超前，九局上再添１分，九局下天理無力反攻，終場沖繩尚學便以４比２擊敗天理，繼９９年優勝後再次挺進四強行列，天理則是於９７年優勝後，兩度選拔大會都止步於八強。

４／３（第十三日）賽事

〔準決勝〕
千葉經大付（千葉）２－４聖望學園（琦玉）
東洋大姬路（兵庫）２－４沖繩尚學（沖繩）

準決勝的兩場比賽，最後比數一模一樣，千葉經大付對聖望學園之戰，一局下聖望學園在沒有安打的情況下，靠著３次四壞便先馳得點攻下１分，二局下雖只擊出１支安打，卻靠著對手的失誤再得２分，聖望學園前兩局在只有１支安打的情況下便已攻下３分，千葉經大付則受制於聖望學園投手大塚，直到六局上才終於擊出第１支安打，並於八九兩局各得１分，但為時已晚，以２比４吞下敗仗，春季初出場的聖望學園昂首挺進明日決勝賽。

東洋大姬路對沖繩尚學之戰，東洋大姬路於一局上先馳得點，七局上再添１分，投手佐藤翔太延續連兩場完封的氣勢，一路壓制沖繩尚學，沒想到八局下卻突然風雲變色，首名打者安打上壘後，佐藤翔太雖連續解決之後兩棒，沖繩尚學卻在兩出局後絕地大反攻，一口氣連得４分，終場沖繩尚學同樣以４比２進入最後決勝賽，佐藤翔太全場投出９ｋ只有２次四壞，但２次都出現在關鍵的八局下半，就此決定了東洋大姬路的命運。


４／４（第十四日）賽事

〔決勝〕

聖望學園（琦玉）０─９沖繩尚學（沖繩）

聖望學園對沖繩尚學之戰，沖繩尚學一局上首名打者一上來就擊出三壘安打，並在隊友掩護下回壘得分，似乎已預告了這場比賽的發展，整場比賽沖繩尚學攻勢不斷，一二兩局各得１分，把聖望學園先發投手大塚打退後，三局下沖繩尚學大爆發，在包括單局２支三壘打的攻勢下灌進４分，六局下又以一記場內全壘打再添３分，全場沖繩尚學一共擊出１５支安打，包括４支三壘安打，打得聖望學園毫無招架之力，終場沖繩尚學便以９比０大勝聖望學園，繼１９９９年之後，第二度奪下春季優勝。

值得一提的是，沖繩尚學於１９９９年春季拿下校史，同時也是沖繩有史以來第一座甲子園優勝時，陣中的王牌投手比嘉公也（五場比賽中出賽四場，包括三場完投一場完封，準決賽對強豪ＰＬ學園更獨力完投１２局）在２００６年回到沖繩尚學擔任監督，短短兩年的時間，他就帶領母校重回甲子園，而且首次以監督身份來到甲子園，便再次帶領母校重回榮耀，為甲子園再添一段傳奇佳話。