治療纖維肌肉痛，從改進睡眠質量和減少痛苦開始。花蓮慈濟醫學中心院長暨疼痛門診醫師石明煌表示，深層睡眠跟許多身體功能有關聯，例如組織修復、抗體生產，以及調節各種神經傳遞物質、激素和免疫系統化學作用物質，所以治療首重改善睡眠品質，為治療纖維肌肉痛症候群的最重要因素之一。
石院長指出，除了改善失眠情形外，通常會給予低劑量的抗憂鬱症藥物，有助於減少患者疼痛、疲勞與改善失眠，只是用久了之後，可能會隨著使用時間愈來愈長而逐漸失效，也有許多藥物可以輔助睡眠、解除疼痛。治療纖維肌肉痛，臨床上常合併採用兩種以上藥物以便相互加強作用，醫師也可能會開立肌肉鬆弛劑、抗癲癇藥物等作為輔助用。
石明煌院長進一步指出，除了使用藥物治療之外，大部份患者可能還需要使用其它的治療方式，譬如職能治療、物理治療、穴位按壓、整骨療法、整脊療法、針刺、催眠紓壓與額頭肌電生理回饋技術、按摩治療及運動課程等皆是。
當症狀減輕時就值得鼓勵，經長期追蹤研究顯示，纖維肌肉痛屬於慢性病的一種，症狀常時好時壞，加上纖維肌肉痛對日常生活及工作的影響，導致不同的患者其狀況也不同，所以只要治療後症狀有所改善就值得鼓舞。值得慶幸的是，這種疾病本身並不會產生其它的併發症。
纖維肌肉痛患者除了接受治療外，平常也需做好預防保健措施。花蓮慈濟醫學中心院長暨疼痛門診醫師石明煌表示，除接受正確的治療，患者應適時學習自我照顧的方法都可改善症狀，有助於增進自己的健康，例如避免勞累、減少壓力、睡眠充足、均勻活動量、飲食要均衡及規律運動等皆是良好的保健之道。
石明煌院長指出，患者應想辦法避免過度勞累或情緒壓力，可讓自己每天挪出一些放鬆心情的時間，或許這意味著學會怎麼說「不」而沒有罪惡感，但不是說完全改變日常作息，畢竟選擇放棄工作或活動的人比起仍然保留活動的人更糟糕，建議嘗試減壓的技術，譬如有空時多做深呼吸或凝思等。
因為疲倦是纖維肌肉痛的主要症狀之一，所以患者平常要睡得好，也就是說，能不能有充足的睡眠對患者來說相當地重要，除了保持足夠的睡眠時間之外，最好還要有良好的睡眠習慣，像是每天定時上床睡覺、早上起床，以及白天小睡的時間要有限度等；患者每天要保持均勻活動量，因為如果活動量太多，惡化的日子也多；三餐飲食宜均衡，最好能夠限制飲用咖啡。
規律運動也是很重要的一件事，剛開始運動時也許會增加患者的痛苦程度，但習慣了以後症狀就會減少。因為運動可減緩發作，只是患者常會因為怕疼痛而不願意運動，家屬還是要鼓勵患者運動以免因為不肯動而加重疼痛症狀。適合患者的運動包括太極拳、騎單車、散步、游泳、瑜珈等身體可以負荷的運動都可以，運動應循序漸進，不宜突然增加太多的運動量，因為過度的運動量可能會反使疼痛和疲勞程度加重，同時也應避免進行衝擊性的激烈運動。
