3000年前，一個部族想藉由戰爭統一天下。他們的首領發現了一個時空之門，藉由開啟此道門，首領成了不死之身，但卻把他的四個戰友化成了石像，更招喚出了13隻怪物擾亂人間。3000年過去，在忍者龜們打敗許瑞德(Shredder)之後，Leonardo為了成為一個更稱職的領袖而進入叢林修行，剩下三隻烏龜就留在紐約想辦法找樂子度日。其中，只有Raphael繼續扮演Nightwatcher來拯救治安。

長生不死的首領成了Max Winters，一個掌管大企業的總裁。他委託April替他收集四座石像，並運用科技讓他們復活，幫助他抓那13隻怪物以彌補過去的錯。

經過一番考慮，Leonardo回來要帶領忍者龜們，Raphael卻不從。藉由消息，忍者龜們知道了Max的想法；但同時，一直聽從Max命令的四個戰友卻認為他變的脆弱了，決心自己來統治世界。為了欺騙Max，他們抓了打輸Raphael的Leonardo假裝成第十三隻怪物交給了Max。時空之門開啟，Max發現了他們的陰謀。而此時，Raphael發現了自己的無知，決心出發拯救Leonardo，也拯救這個世界。龜(烏龜)石(石頭)大戰即將展開...

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我知道劇情寫的很無聊，不過真的大概就是這樣，反正就是把忍者龜的卡通劇情3D化就對了。當然啦，隨著時代演進，畫面變的漂亮了，打鬥也比原先有魄力許多，不過，說真的沒有特別出色。最後忍者首領的女的說了一句，以後我們還會有機會一同對抗來自過去的敵人，大概是下一集許瑞德或那個怪怪的大腦妖要復活吧~ 反正，就是這樣啦。不過，都過這麼多年了，真的還會有小朋友想看這個嗎....