本次的事件以東京為中心發生六件大範圍的連續殺人事件，引起警政高層的重視，柯南意外地發現「黑色組織」涉及整個事件!!






一開場就是科南在夢裡被黑暗組織發現，在小蘭即將被殺害的時候，科南也被嚇醒了!
這樣的夢也讓科南想到如果他們知道工藤新一還活著的話，那麼新一與柯南的夥伴們會不會一併遭到追殺?!

知道事態危險的柯南決定獨自展開搜查..

本集的劇情相當的錯綜複雜，除了在各地發生的連續殺人事件之外，還有科南利用毛利小五郎參與警界會議中發現有黑暗組織的人滲透其中，也就是說科南除了要解決連續殺人事件之外還必須查清楚黑暗組織與這個案子之間的關聯，而且他還想要與黑暗組織正面對決，試圖找出這個神祕組織的面貌。

由警視廳長舉行的特別會議請到了與案件相關的當地警部，結果真是讓人捧腹狂笑的熟悉面孔（都是科南一行人在日本各地遇到的無能警官），他們都因為毛利小五郎的協助破案升格為警部，也難怪科南會懷疑日本的警方沒有問題吧？^^

回到正題，連續殺人事件的現場都留下了麻將牌與背面有英文的線索，可想而知搞笑的毛利大叔又開始發表他毫無邏輯的推理了...更好笑的是那些個草包警部還有人附和毛利的推理^^

事件要破案還是得依靠主角柯南自己去查囉，科南利用名偵探毛利的名氣開始四處調查，
在過程中識破了苦艾酒（黑暗組織的一員）的變裝，與她的對話中得到了關於黑暗組織有利的情報（迷樣的大姊與柯南的關係是敵是友？）

科南發現死者留下的遺言與京都有關，於是便拜託在京都上課的服部平次幫忙調查可能的地點，福部與和葉這對關西腔很明顯的情侶提供科南他們所知道的情報，這也幫助科南逐漸釐清案情，找到了被害人之間的關連性。

在七月七號七夕當天，科南獨自前往兇手即將犯案的所在地，恰巧被在家沒事的原子看到
，園子馬上告知小蘭，於是兩人就一起去找科南了（劇情一定要這樣安排的啦）小蘭到了之後得知現場有警方辦案，連續凶殺案的兇手與科南都在大樓頂樓....


科南好不容易破解出兇手的真面目，同時順利救出最後的被害者，但是黑暗組織負責調查科南身分的愛爾蘭突然現身，他打算以科南來威脅琴酒在黑暗組織的地位

這時候小蘭出現了，小蘭以帥氣的空手道與愛爾蘭單挑，但就算是小蘭空手道再厲害也無計可施。小蘭面對黑暗組織的逼近，存活機率幾乎是零，柯南或是新一，到底是否能夠前來搭救呢？「新一，救我。」是小蘭在昏厥前的最後一句話，小蘭即使生命受到威脅，心裡頭仍然想著新一，而柯南或是新一，到底是否能夠順利前來搭救呢？


提到小蘭和新一，就不得不解釋兩人之間複雜的情感。工藤新一和小蘭在觀眾的眼裡是公認的一對。兩人即使小爭吵不斷，但是爭吵背後卻總是有著對情人般溫柔的關心。工藤新一尚未縮小之前，兩人青梅竹馬的關係就已散發出淡淡的曖昧情愫，但兩人總是不輕易開口，那酸酸甜甜的滋味在兩人心裡頭蔓延。工藤新一是足球隊的大將，毛利蘭是空手道主將，兩人總是形影不離，卻也常常拌嘴吵架，在新一還沒有被下藥之前，他們對於彼此的情感是模糊的，直到新一的消失，兩人才意識到彼此的重要性。但兩人總是在關鍵的時刻，又將即將脫口而出的話語吞回。在柯南尚未變回新一之前，兩人只能痛苦的等待彼此。