功能性消化不良的患者，多見上腹脹痛不適，食欲不振，有惡心及嘔吐等症狀，經檢查時，要排除胃食道反流症、胃腸潰瘍、心肌缺血及膽石症等器質性疾病。此病症狀多數持續或反覆發作，病情多超過一個月。

現代醫學研究認為，功能性消化不良是和精神緊張、不良情緒有直接關係，屬一種身心疾病。腸道的運動、感覺是受中樞神經所支配，大腦可以分泌物質影響腸道的運動及功能，從而出現相關症狀。心情不暢、情緒不穩定、性格不開朗者，易患此症，除了進行藥物治療外，更要注意心理健康。

中醫治理這類病人時，除確診為功能性消化不良，更以病人不同的病症，從而辨別不同的症型，使用不同治療方法和劑藥。例如當消化不良的患者，常覺心下脹滿，胸腹滿悶，檢查時腹部軟或痛而拒按，並有口渴、心情煩躁、大便不通、舌質較紅而舌苔帶黃等徵狀，中醫會斷定為有邪熱內結於胸腹，所以治療時多數用積實導滯丸加減，以清熱化積，積實導滯丸有大黃、積實、黃苓、黃連、神曲、白朮、茯苓及澤瀉等。如患者有飲食積滯的表現，方藥主要是消食導滯，如保和丸加減，內含神曲、山楂、茯苓、半夏、陳皮、連翹、萊菔子等。

功能性消化不良的患者，飲食宜較清淡，少食辛辣、肥甘味厚膩物，並要戒除煙酒。平時要保持平和心態，勿輕易急躁發怒。適當藥物及心理治療，才可有效治療此類病患。