儒教
台灣本土的寺廟本來以以儒教系最多，不過，由於三教混淆的結果，喪了儒教的意義，真正純粹的儒教已較少，像關帝廟或城隍廟，原本應屬儒教，時至今日，堪稱為純儒教的寺廟，大約只有孔子廟、文昌祠、節孝祠、家廟等數種。

(1)孔子廟：又稱為文廟或聖廟，台北、宜蘭、彰化、台南、澎湖等六處各有一座，其中台南的聖廟最為古老，最為完善。另外，孔子廟隸屬官廟，不許民間私設，堪稱官廟的孔子廟，只有前述的六座，但是，以孔子為祭祀主神的還有苗栗的雲梯書院，旗山的育英書院，埔里的育化院，花壇的文祠等。（書院是昔日的學堂或義塾）

(2)文昌祠：祭祀的是學問之神文昌君，又稱文昌星，是北斗星之一，文昌君是儒教之神，而道教則將視為黃帝之子，當成飛仙之一來崇拜。

(3)節孝祠：是祭祀節婦孝子，台灣普遍設立，目前當成寺廟加以管理的有台北、宜蘭、彰化三處。

(4)家廟：包括祖厝、祖廟、祠堂，一般俗稱祖厝，是祭祠祖先的廟，祖廟有大宗、小宗之分，大宗以始祖為祭神，為同宗族人設立。大宗則是以祖檷（較近的祖先）為祭神，為同宗族人設立。大宗、小宗並不具有獨立的權利主體，也就是說並非私有，因此當成寺廟處理，現在登錄的有120座，未登錄者所在多有。

(5)關帝廟：又稱為武廟，祭祀的是關帝爺，就是關羽，是勇武之神。

(6)城隍廟：清朝開始祭祀城隍為國之大師，視作護國祐民之神，列入祭典行列。

　

2.佛教系：大體以佛，菩薩為本尊來禦祀，有的是僧侶自建，有些是民眾與建，僧侶自建的是純佛寺，為修養的道場；民眾興建的大都與僧侶無關，只是參拜之用，甚至有道教化的寺廟，例如佛祖廟、祖師廟、彌陀寺、觀音堂等。

3.道教系：此種寺廟佔本島寺廟中的大多數，前殿祭祀道教神，後殿則祭祀佛、菩薩為其慣例。

4.齋教：有由齋友建造的齋堂，是屬於道教化的建築，以佛、菩薩為本尊，祭祀神仙，在家與出家雖有差別，但和僧侶所用儀式相同，進行修養。

5.雜教：多為沒有後殿的小廟，為單一的建築物，以王爺、太子爺、有應公為祭祀主神，不屬於儒、道、佛教其中之一。