其實長崎蛋糕的最早起源來自於荷蘭古國CASTELLA，其貴族皇室做為招待使節或國宴饗客，用來表達最隆重的敬意。而大約在十六世紀時，才傳入日本。當時的德川幕府是採取鎖國政策，所以只有局部開放少數地點，長崎就是其中一個開放的地點，用來做為外國船隊拜訪日本的港口。而來遠從歐洲千里迢迢來日本的荷蘭商人，希望可以進入日本做生意，所以面見天皇時，特意將荷蘭皇室招待貴賓的精緻蛋糕做為貢品，其蛋糕特殊的香甜，氣息與滑細口感，立即贏得天皇的讚賞。

另有一說，十七世紀時，葡萄牙的傳教士和商人從歐洲遠度重洋來到長崎，他們帶來很多東西，例如麵包、煙草、玻璃等等。對當時的日本人來說，這都是新奇的玩意兒，而為了建立彼此的友誼，這些葡萄牙外地人想了一些辦法來討好日本當地人，傳教士對平民分送甜點、對貴族分送葡萄酒，希望藉此可以在日本傳播基督教。葡萄牙商人更是大量製造糕點在街上分送民眾。在當時，一種用雞蛋、麵粉、砂糖極其簡單製作的糕點大受日本人歡迎，日本人問：「這是啥東西？」葡萄牙人則回答：「這是一種從Castella王國傳來的甜點阿」結果，日本人就誤將「Castella」當作甜點的名字流傳下來，這就是Castella的由來，也就是長崎蛋糕的由來。

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另外，其實我們現長崎蛋糕在所吃的蜂蜜蛋糕，只是長崎蛋糕的其中一個種類，而且，當初由日本傳到台灣來時並沒有加蜂蜜，當時只有添加糖及麥芽，只因為愛好者一句甜得好像蜂蜜一樣，突發奇想的店家才加入蜂蜜，並重新調配材料比例，才有蜂蜜蛋糕的誕生。