許惠玉營養師說，雖然骨科醫師認為骨質疏鬆最主要原因，是太少運動、不喜歡曬太陽，鈣質吸收不足所致，且也沒有直接證據顯示咖啡因會導致骨質疏鬆症，但不可否認咖啡因仍是引起骨質疏鬆症的危險因子之一。

尤其，對鈣質攝取量低的婦女來說，若每天飲用兩杯以上研磨咖啡，將會使骨質流失的情況惡化。流行病學資料顯示，咖啡因攝取量和50歲以上女性的骨質密度有關，因此停經後婦女，更需小心飲用咖啡。而要避免骨鬆，除了減少咖啡因攝取，平時可多補充鈣質和多運動。

如有人喝不慣黑咖啡，需要加點糖，再淋上奶精，中和咖啡的苦味。許惠玉建議捨棄奶精，因為不但會增加熱量，且奶精的「反式脂肪」，是威脅心血管的可怕殺手，改為添加低脂牛奶，還能補充鈣質。

肝臟是各種物質代謝的大本營，包括咖啡因也是在這裡代謝的，所以肝臟處理咖啡因的能力，可以反映出肝臟是否健康。以此推論咖啡可能傷肝，似乎合理。但是看看最近的研究資料，卻會發現事實完全相反。

早期有許多研究，發現用毒素破壞動物肝臟以後，如果同時給予咖啡因，可以減輕肝臟的發炎與損害程度。205年美國有兩篇重要的研究報告，分別指出喝咖啡可降低肝功能異常的比率，而且每天喝超過兩杯咖啡者，慢性肝病的發生率下降大約六成，尤其是酒癮、肥胖、糖尿病等病人。這些報告發表在消化科最經典的《腸胃學》（Gastroenterology）國際期刊上，代表主流醫學已經接納咖啡可以「保肝」的看法。

同樣地，咖啡也可以降低肝癌的發生率。2007年一個綜合分析十個相關研究的論文，指出喝咖啡的人罹患肝癌的機率比一般人減少約四成至五成。所以，咖啡並不會傷肝。在慢性B型肝炎盛行的台灣，出現許多咖啡專賣店，說不定是件美事？

感染症權威李秉穎醫師在其書中指出，據2012年美國國家衛生研究院（National Institutes of Health）發表一個研究，他們分析年齡在50至71歲近23萬位男性與17萬多位女性的資料，發現喝咖啡可以減少死亡率（見下表）。看起來每天喝一杯咖啡就有影響，而其影響大約是降低10％死亡風險。