中草藥的成分相當複雜，其質量受產地、氣候、溫度、品種、類別、基源、藥用部位（根、莖、葉、花、種子）有效成分當然不會相同。

栽培時間、年限、加工炮製、採收時節等……因素影響質量以及真偽。

由於中草藥，絕大多數是植物品種，型態相類似，魚目混珠，一些不法份子為牟取不法利益，昧著良心將一些型態類似的植物偽充。例如木棉根以木棉樹幹偽充。牛膝有懷牛膝，土牛膝，紫莖牛膝，味牛膝，假牛膝。小飛揚誤用為扁蓄。兔仔菜誤用為蒲公英。白蠟以化工蠟燭偽充。王不留行以野牡丹。黃藥子誤充何首烏。水半夏充川半夏。北柴胡以竹葉柴胡、錐葉柴胡，更有以不知名的柴枝充用。天麻以巴蕉芋。威靈仙以鬼臼，鐵線蓮，粘魚頭。貫眾以鐵樹。巴戟天以羊角藤，四川虎刺，雞筋蔘。醫者不明究理長期沿用，誤用仍不知，療效如何彰顯呢？

況且更會嚴重威脅使用者的安全。其次中草藥材的有效物質，除了主要的有效成分之外，尚有次生代謝物，也就是不起眼的一般的微小成分，與其他藥物的協同及合用激發其關鍵媒樣的活化作用，以及劑量的搭配，直接、間接影響藥物的有效性與安全性，這就是所謂的十八反歌以及必用搭配相輔相乘的藥對。例如方劑學內的組成，藥物之間的相互作用，對活性成分的轉化、吸收、歸經、輸佈、代謝、解毒等，各種機制都有影響。