台南南化水庫從８８年４月竣工後，該水庫就肩負起本市曾文溪以南重要的民生及工業供水，每日供水量平均約６０萬噸，屬青壯期之水庫，惟經莫拉克颱風重創後，目前淤積率達３２％；已影響到台南市未來自來水備援調度能力，所以台南市長賴清德於立法委員任內即積極推動「曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水特別條例」，期使大台南地區的水庫能獲得改善，延長使用壽命，達到穩定供水的目的。

 台南市長賴清德邀水利署、南水局、六河局、南科管理局及嘉南水利會共同勘察南化水庫，並開會討論如何穩定大台南供水及提升備援調度能力等相關議題。根據水利署推估到１１０年大台南地區即使實施節約用水，其需水量仍會由目前每日８６萬噸成長至１０５．５萬噸，雖然南水局與自來水公司提出水源調度計畫及提升淨水能力等穩定台南地區供水備援計畫，期能一方面穩定目前供水，一方面可以應付未來成長之需求，但由於進度緩慢，所以台南市長賴清德籲請中央能加速進行趕辦行政院核定之「穩定南部地區供水計畫」，才能於短時間有具體成效。

 台南市長賴清德最後再次籲請中央，應正視大台南地區水庫淤積嚴重現象，提出多元化清淤、防淤計畫，嘗試各種可能性做法，統合各單位齊心協力執行，以加快水庫清淤速度，台南市長賴清德也指示台南市政府同仁加強跨域合作，以確保水庫永續使用，南部供水穩定，讓民眾全年度均能用水無虞。