臺北市萬華區康定路與長沙街交叉口的清水巖祖師廟。

1817年(清嘉慶年間)颱風侵襲艋舺清水巖，重修時翁姓人士敬立的石柱楹聯：「為清水，為蓬萊，此地並分法界；是金身，是鐵面，入門便見真容」。

長沙街記得曾經是傢俱一條街，如今風華不再。

檐廊兩側龍、虎二堵牆分別有「南極仙翁」及「麻姑獻壽」磚雕，為臺灣現存落款（1817年）最早的磚雕作品。

渡海來臺的福建泉州安溪移民，將守護神清水祖師的香火攜來後建廟，台灣其他各地，都可見到此原鄉神明於移民的異地奉祀之情形。

1853年(清咸豐年間)泉州三邑人(福建省泉州府的晉江、南安、惠安縣人)為了爭奪艋舺的商業利益，與同安縣人之間發生「頂下郊拚」事件。泉州三邑人，欲攻打同安人，苦於沼澤，想借道清水巖通過，要求燒毀清水巖故威脅安溪人，並答應事後會負責重修工作，但事件後三邑人毀約，單只捐獻了一對龍柱略表意思了事！過喉嚨毋知燒？

清法戰爭西仔反時，法國遠東艦隊侵犯淡水危及臺北城，後來淡水鄉勇迎接了「蓬萊老祖」神像開赴戰場，居然擊退了法軍。清德宗光緒帝因清法戰爭淡水告捷，御賜匾額「功資拯濟」。自此神蹟，艋舺祖師廟香火更為鼎盛。

不過淡水善信方面卻認為「蓬萊老祖」神像原屬於淡水，是淡水沒有祖師廟，才寄放在艋舺的。

艋舺清水巖與艋舺龍山寺和大龍峒保安宮合稱為「臺北三大廟門」。

艋舺、淡水兩派信徒紛爭爭吵不休，兩廟在日治時期為了「蓬萊老祖」神尊歸屬問題，還打起了官司，日本推事(法官)在息事寧人沒有一推了事的情況下，決定雙方共有，輪流供奉，農曆單月在艋舺，雙月在淡水，因應五月的「淡水清水祖師成道慶典」（淡水大拜拜），五月、六月份兩廟互換供奉月份，如此情況行之多年。

艋舺清水巖與艋舺龍山寺和大龍峒保安宮合稱為「臺北三大廟門」。

牆上有罕見的雙窗。

又與艋舺龍山寺和艋舺青山宮合稱為「艋舺三大廟門」。

另將艋舺龍山寺、艋舺清水巖、艋舺青山宮與西門町天后宮（原艋舺新興宮）合稱「艋舺四大廟」。

艋舺清水巖與三峽祖師廟、淡水祖師廟、瑞芳祖師廟，再又稱為「大臺北四大祖師廟」可見此域附近，是有安溪人居住過的清楚刻痕。

除遭遇過颱風、回祿之災、拆廟，1971年長沙街拓寬部分的護龍也遭拆毀。

2016年起「蓬萊老祖」不再接受其他廟宇迎請，成為永久的鎮殿之神。