世界衛生組織內部文件，傳出將台灣在國際條約上定位為中國一省，引發朝野立委的反彈，對於綠營立委要求總統馬英九啟動國安機制，並停止出席會議。新聞局長楊永明今(9)日下午表示，參與世衛大會對於國家利益和人民衛生福祉有很具體的成就，決非「羊入虎口」，而是「不入虎穴、焉得虎子」。

民進黨立院黨團今日上午召開記者會，要求總統馬英九啟動國安機制，並利用「中斷法」阻止世衛在國際組織或條例中完成中國統一台灣的事實，並對外交部知情而未向大會抗議之官員進行懲處。

對此，新聞局長楊永明、外交部次長沈呂巡和衛生署副署長蕭美玲召開記者會，聲明絕不會缺席本次的世界衛生組織大會。楊永明表示，「台灣做為一個全世界前二十大的經濟體，展現各方面的能力，但是在國際事務參與上，我們應該盡力爭取參與的空間。」

楊永明強調，在面對國際現實的情況下，台灣應該思考如何不卑不亢的維護主權完整和獨立性，並擴大台灣的利益和人民的福祉，才是現在需要面對的問題。

衛生署副署長蕭美玲也表示，「這次邱署長將參加世界衛生組織大會，是已經努力十三年的結果。」蕭美玲表示，如果不去參加世衛大會，台灣將沒有在國際發言的機會，「我們在會議現場，前面有Chinese Taipei的牌子，要發言就把它立起來，如果我們沒有參加就沒有這樣的發言機會，也不能為台灣民眾說話。」

蕭美玲強調，在SARS疫情發生時，台灣因為不是世界衛生組織的會員國或是觀察員，沒有人會給台灣相關的資料。「但是去年H1N1時就不一樣，因為我們參加了IHR，資訊他們就會提供給我們，讓我們得以事先充分準備。」

對於媒體報導，世衛秘件有矮化台灣主權的狀況，外交部次長沈呂巡則認為，台灣去年在WHA積極發言，甚至比部分大國還要參與委員會的意見討論，「這不但是彰顯我們的主權，也維護台灣人民的健康福祉，更使台灣在國際上、一個聯合國專門機構的場域能夠發聲，這是馬總統上任後在外交上的重大成就，我不清楚為何有人會說這是矮化主權？」