南樹林驛於2015年12月23日通車使用，車站站房是一座3層樓跨站式建築，外觀以玻璃及鋼骨來裝飾成為樹幹狀造型，屋頂為波浪狀造型，以太陽能板及網印玻璃屋搭蓋而成，整個建築呈現開放式空間，與一般車站封閉式空間不同。

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步上車站階梯，每一層階梯都貼有樹林2字的古詩詞，讓車站充滿文藝氣氛。來到三樓售票大廳，從透光玻璃屋頂透入的採光，彷彿置身在樹蔭下，有光線直射又有樹葉遮光的感覺。進到剪票閘口，走道盡頭以玻璃為牆，這裡是觀賞台鐵列車進出的VIP特別座。

南樹林驛車站建置於樹林調車場外側，最初期車站以樹林調車場車站稱呼(簡稱樹調驛)，經由居民投票產生站名。

候車月台為一座島式月台，遮雨棚的設計與一般車站類似，Y字形的柱子，漆上代表樹幹的咖啡色，就像在樹林中候車的感覺，一旁還有樹調場內眾多列車一起陪伴，像是PP車、普悠瑪號等，在這裡候車一點也不無聊。