瑞芳驛設站於1919年5月，早期這裡是煤礦的轉運站，負責周邊共有16處礦坑的煤礦運輸，還一度作為兩條支線的起點：懷山支線、深澳支線。其中懷山支線已經拆除；而深澳支線自1965年通車，至2007年9月全線終止營運。

1965年瑞芳設立後站（第三月台）作為深澳支線發車處，1989年深澳支線停止辦理客運後，後站也隨之廢除。

近十年來因為金瓜石、九份、侯硐地區的觀光興起，瑞芳驛已成為轉運站，要前往周邊景點的遊客都在此轉車。目前的瑞芳驛外為一大廣場，客運班車都在明燈路上停靠，沒有好好將廣場作為客運轉運站，否則可以有效改善站前的交通。

早年來到瑞芳驛，售票房與剪票口是分離的，利用站外地下道作為月台間的聯絡通道，因此剪票口設置在月台上。

配合「海洋科技博物館」營運，在2013年瑞芳驛增設站內地下道並重新修建原本第三月台，其中通往第三月台的地下道也配合海科館的海洋風情重新打造。

而原本的站外地下道可直接連結前、後站，地下道內原本就布置有瑞芳街景的舊照片，從照片中可看出瑞芳市街最早的發源地是後站一帶，目前還保留不少老舊的早期建築。