員林驛在西元1905年3月設立，至今設站已經超過百年。日治時代員林驛是位於現今靜修路一帶，因闢建靜修路之故才將車站遷到現址。目前所見水泥站房為1961年5月所改建，與彰化驛一樣都種植有大王椰子，也成為車站的正字標記。而車站前廣場經由鎮公所改造後，就像一座小公園一樣，也美化車站景觀。

目前台鐵員林段正進行鐵路高架化工程，北起員林鎮北勢路平交道，南至員林大排，共有3.98公里的路段會變成高架化，可消彌員林市區長期被鐵路分隔的景象。

配合鐵路高架化工程，原本員林驛營運的兩座月台及車站站房都將拆除，其中月台已拆除，目前列車改停臨時月台。因為臨時月台較舊月台往西遷移，搭車時得多走一段路程，同時南下北上月台縮減為一個，也讓月台感覺較為擁擠。鐵路高架化後，仍維持兩個島式月台。

未來車站站房也會改建為跨站式站房，預計2013年10月完工啟用，而原本的站房則拆除。