蒲特曼斯（Hans Putmans），與他的前任納茨同為密德堡人。他在1624年以低級商務員的身份前往巴達維亞，後來因能力傑出，連連升官。1629年，蒲特曼斯被派為大員長官，接替納茨，整頓荷蘭人在福爾摩沙搖搖欲墜的事業。

1629年6月21日，蒲特曼斯抵達大員，他所面臨的，有如大員寫給巴達維亞的報告中所說的：「日本人明顯表示不滿；西班牙人威脅著大員；麻豆社人殘害城堡中最勇敢的戰士（在蒲特曼斯抵達之前，有一枝荷蘭人的軍隊被麻豆社人襲擊，52人全部被殺）；我們希望，萬能的上帝會把我們從困境中解救出來。」蒲特曼斯最初的施政，是先和鄭芝龍與李魁奇（他原是鄭的部下，1628年鄭向明政府投降，李魁奇遂率一部份人叛離鄭芝龍）交涉，向其表達善意。接著蒲特曼斯派船隻去探查台灣北部西班牙人的情況，準備在適當時機，出兵驅逐之。其次，荷蘭人在1629年11月，派遣一枝230人的軍隊，前去攻打殺害荷蘭人的目加溜灣社（今台南善化）平埔族，殺了不少族人，並放火焚燒村社。12月，麻豆社和目加溜灣社的酋長到新港社去，透過在當地傳教的荷蘭牧師甘第爹士（Condidius）向荷方乞和。於是雙方達成三項協議：（一）村社歸還被殺荷蘭人的屍體。（二）平埔族人繳出所有武器。（三）平埔族人每年須向荷蘭人進貢。12月25日，蒲特曼斯再率五百荷軍和四、五百名新港社人，出兵離大員十二、三哩的Taccareiangh社。荷軍抵達時，村民早逃離，荷蘭人只得到九個首級，於是蒲特曼斯長官便下令將村社放火燒燬。

荷蘭人施行與軍事掃蕩並行的政策是推廣基督教。在荷蘭人佔領大員不久，第一任的牧師甘第爹士就來到台灣。他先在新港學習平埔族語，並隨即開始宣教行動。1628年的濱田彌兵衛事件曾使其的宣教行動暫停，但到了1629年，第二任牧師尤紐斯抵達大員，與甘第爹士合作傳教之事，基督教的傳布遂大有進展。

蒲特曼斯與大員附近的平埔族人達成了暫時性的和平，緊接著他將目光轉向貿易障礙中國海盜。1629年12月，蒲特曼斯親自前往福建，和鄭芝龍與李魁奇交涉。荷蘭人發現李魁奇此人做生意沒信用，於是便與鄭芝龍達成協議，要將李魁奇逐出廈門。在荷蘭人與鄭芝龍合作的同時，李魁奇的手下鍾斌也背叛李，投向鄭芝龍方面，於是鄭、鍾與荷方就聯手，在1630年2月，擊破了李魁奇，鍾斌將其生擒。

李魁奇失敗後，鍾斌反而取代其地位，又和鄭芝龍發生衝突。鍾斌也想拉攏荷蘭人，但荷蘭人發現鍾斌開出的條件不夠理想，並未積極給予援助。1630年12月，鍾斌被鄭芝龍擊破，翌年初兵敗投水自殺，福建沿海暫時成了鄭芝龍的地盤。於是，荷蘭人又積極開始與「一官」（鄭芝龍的別名）交涉，在1631年4月得到了6張貿易許可證。但荷蘭人仍希望能在中國自由貿易，畢竟這種經由鄭芝龍的轉手貿易，有不少銀子是落入鄭芝龍的手中，但鄭芝龍當然不可能答應荷蘭人自由貿易的要求，一是因為明政府海禁仍嚴，發給荷蘭人貿易許可已是很不錯的了，二是鄭芝龍不會把自己能賺那些轉手貿易的錢給放棄掉。

福建沿海平靜的日子並不多，1632年初，另一股與鄭芝龍對抗的海賊勢力劉香興起。劉香原是鄭芝龍的手下，在1628年時與李魁奇一同叛離鄭芝龍，在李魁奇失敗後，劉香收拾其黨羽，又開始對福建沿海進行劫掠。除了劉香興起外，福建巡撫由熊文燦換為鄒維璉，鄒認為福建沿海的情勢不安，是由於鄭芝龍和荷蘭人過從甚密的結果，他上奏北京當局說：「自古華夷混處，釀禍非小，何敢容久以養癰，不得不疏責鄭芝龍與夷絕。」於是鄒維璉基於其見解，再次宣布海禁。1632年7月，蒲特曼斯到巴達維亞述職回來，發現情勢的改變，於是他在7月底、11月底和1633年2月，三度率船前往漳州，與鄭芝龍溝通並進行貿易。但鄒維璉的強硬態度逼的鄭芝龍無法給荷蘭人承諾，兩方關係迅速惡化。3月1日，蒲特曼斯前往巴達維亞，向東印度總督報告中國情勢，4月30日，巴城方面做出決議：「對中國發起一場嚴酷的戰爭，因而需要派去大批人力、海船和快艇，以獲得所希望的自由與中國貿易，同時保證公司在東印度的其他事務不受阻礙。」東印度公司以蒲特曼斯為艦隊司令，率領10艘船艦前往中國沿海，之後公司也從大員與其他地方抽調兵力增援，荷蘭人的軍力達到1300人以上。在蒲特曼斯出兵之前，鄭芝龍與劉香已在1632年底時交手過了，結果是鄭芝龍守住了地盤，劉香軍敗潰逃，但鄭芝龍損失也不小。荷蘭人在7月11日開始攻打福建的南澳，隔日攻廈門等地。此時鄭芝龍才剛追擊劉香回航，被荷蘭人迎頭痛擊，損失船隻十艘，中國將領張永產則折船五艘。荷蘭人獲勝之後，揚長而去。

1633年7月29日，蒲特曼斯邀請劉香與李旦之子李國助前來商討攻打鄭芝龍。10月22日，荷蘭軍艦8艘，在蒲特曼斯的率領之下，和劉香的50艘船隻會合，在料羅灣與鄭芝龍所率領的中國艦隊交戰。荷蘭人大敗，劉香則臨陣脫逃，蒲特曼斯也差點遇險。荷蘭的軍艦有一艘被燒毀，一艘被俘擄，四艘跟著蒲特曼斯逃回大員，兩艘被中國軍隊重創，漂流到廣東附近。此役有百餘名荷蘭人被俘，中國方面繳獲物資也不在少數。相對於鄭芝龍的地位提升，鄒維璉則因其強硬手段惹來的禍事，遭到明政府撤換，改由沈猶龍接任。鄒維璉的離職，也讓荷蘭人與鄭芝龍之間的緊張氣氛緩和下來，蒲特曼斯寫信給鄭芝龍要求和談，但他認為議和是一時手段，面對頑固的中國人，荷方還是要用軍事上的勝利來打開中國門戶。所以蒲特曼斯先是率軍在1633年底攻打了屢次殺害漂流荷蘭人的小琉球島，並再次拉攏劉香，劉香便於1634年3月率大軍抵達澎湖，寫信給蒲特曼斯，要求荷蘭人與其聯手攻打中國與澳門，但蒲特曼斯因正和中國方面和解，無意再發動戰爭。蒲特曼斯的解釋並未說服劉香，反而讓劉香認為荷蘭人與中國方面在眉來眼去，要對他不利。於是劉香先下手為強，在4月7日從澎湖出發攻擊了打狗和堯港，但被荷蘭人所擊退。翌日，劉香又攻擊大員沿岸的荷蘭人碉堡，戰果並不大。之後劉香的船隊又在打狗外海盤旋幾天後，南下回到廣東沿海。

荷蘭人與劉香翻了臉，在福建的鄭芝龍當然不放過機會，積極的出兵攻擊劉香，1634年5月，鄭芝龍在浯嶼打敗了劉香，翌年5月再於廣東外海擊破劉香，劉香兵敗自焚而死。至此，鄭芝龍總算掌握了中國沿海的海上優勢。荷蘭人方面做生意的對象也只剩下鄭芝龍一家，雖然蒲特曼斯仍然希用武力打開中國市場，但海上勢力的穩定，加上鄭芝龍的商業頭腦，讓荷蘭人在大員的二手貿易漸有起色。雖然利潤在鄭芝龍手中被剝削了不少，但鄭芝龍能夠保障荷蘭人的貿易順利，而且荷蘭人雖做的是轉手貿易，但在歐洲或日本，卻是獨門生意，商品價格是隨荷蘭人開價，所以，荷蘭人後來也就安於現狀，將注意力放在壓抑島內原住民和漢人，以及驅逐佔據北台灣的西班牙之行動。

蒲特曼斯在他的任期末兩年（1635、1636），從中國招徠了許多農民到大員進行墾殖。1636年時已有各一萬兩千餘斤的黑糖和十二萬斤白糖收入，這些糖「純潔、白淨、顆粒結實」（《荷蘭人在福爾摩莎》，p.179），荷蘭人並估計翌年將有三十萬到四十萬巾白糖的收入。由上頭的數據可以看到，當時台灣糖業以極快的速度發展著。另外荷蘭人也在大員生產生薑與伏苓，稻米的生產也得到促進，「福爾摩莎島可望成為荷蘭殖民地的糧倉」（《荷蘭人在福爾摩莎》，p.179）。除了發展農業，荷蘭人也對不服統治的平埔族人用兵。1634年10月，新港與蕭壟二社發生衝突，荷蘭人應新港人的要求，派兵前往Taccareangh社，但荷蘭人遭到Taccareangh的攻擊，五個人被打死。於是荷蘭人在1635年11月底開始以荷蘭以500名士兵與400到500名的新港社與其他友好土著，對麻豆社展開掃蕩，麻豆人並未抵抗，而荷蘭人則殺了26個人，並把村社放火燒掉。12月28日，麻豆人帶了椰子與檳榔樹苗到大員，與荷蘭人簽署條約，條約內容大意為：（一）麻豆人交出被殺荷蘭人的頭顱和屍骨。（二）麻豆人栽種椰子與檳榔栽種，以示向荷蘭人臣服，並奉獻一切所有。（三）服從荷蘭人與荷蘭人任命的長老之命令。（四）永遠自願與荷蘭人並肩作戰。（五）不向荷蘭人底下所屬的中國人進行騷擾，並且不供應中國海盜與從荷方叛逃者任何東西，並馬上報告荷蘭人。（六）荷蘭人有所人員上的要求，麻豆人馬上執行。（七）麻豆人承認殺害荷蘭人的罪狀。

到了12月底，荷蘭軍開往Taccareangh社，村民全部逃跑，荷蘭人則殺了9個人，放火燒毀村社。到了翌年，荷蘭軍攻向蕭壟社，村民向荷蘭人交出7名殺害荷蘭人的兇手，荷蘭人不留情的將他們全部殺死。之後，荷蘭軍又抵大武壟（台南大內），要求當地的住民不得反抗荷蘭人統治，而當地村民也給予荷蘭人款待。1月13日，蒲特曼斯凱旋返回大員。此時，荷蘭人大致上已控制了今天台南、高雄一帶區域，荷蘭人開始建立「地方議會」（Landdagh）制度，此制度最初的實行是在1636年2月，牧師尤紐斯召開了大員以北28個村的長老在赤崁開會，長老們向蒲特曼斯長官宣誓效忠，荷蘭人則發給每個長老衣服、藤杖和荷蘭的旗幟，做為權力的象徵。

1636年，蒲特曼斯結束他的大員長官任期，返回荷蘭。東印度公司給蒲特曼斯極高的評價，而這些讚許並不誇大，蒲特曼斯的8年任期，不但挽救已搖搖欲墜的荷蘭大員殖民地，還讓荷蘭人的投資轉虧為盈，並為後來的發展奠下基礎。