活佛轉世制度創立後，藏傳佛教各教派為了自己的利益，紛起倣傚，相繼建立起大大小小數以千計的活佛轉世系統。據統計，清朝乾隆年間在理藩院正式註冊的大活佛就有148名，到清末增至160名。其中，隨著本教派利益的膨脹而建立的兩個最大的活佛轉世系統是達賴轉世系統和班禪轉世系統。

　　活佛轉世制度是藏傳佛教區別於其它佛教流派最明顯的特徵。它是如何出現的呢？

        1252年，忽必烈召見八思巴時，也邀請噶瑪噶舉高僧噶瑪拔希。但噶瑪拔希投向了當時的蒙古大汗蒙哥，被蒙哥封為國師，並賜給一頂金邊黑帽及一顆金印。1283年，噶瑪拔希圓寂。為將本教派既得利益保持下來，他便以佛教意識不滅、生死輪迴、“化身再現，乘願而來”為依據，臨終前要求弟子尋找一小孩繼承黑帽。

　　弟子秉承師命，找來一小孩為噶瑪拔希的轉世靈童，黑帽系活佛轉世制度就這樣建立起來了。明朝，黑帽系活佛噶瑪巴被明永樂皇帝封為明三大法王之首的“大寶法王”。今天，這一活佛轉世系統仍在傳承。1992年9月27日，拉薩堆隆德慶縣楚布寺舉行盛大的十六世噶瑪巴活佛轉世靈童坐床典禮，揭開噶瑪噶舉黑帽系活佛轉世的又一頁。

　　達賴活佛轉世系統創建於16世紀。清初，五世達賴喇嘛不遠千里到北京朝見順治皇帝，被封為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤咖恆喇達賴喇嘛”，達賴喇嘛的稱呼從此正式確定下來，並傳承至今。現世達賴喇嘛是中華民國中央政府命“免予掣簽，特准繼任為第十四輩達賴喇嘛”後，於1940年2月22日由國民政府蒙藏委員會委員長吳忠信主持，在布達拉宮正式坐床的。

　　班禪活佛轉世系統出現於1713年，清朝中央政府正式冊封班禪為“班禪額爾德尼”（“額爾德尼”，滿語，為梵語ratna之變音，舊譯“寶師”或“大寶”）。民國時期，九世班禪與十三世達賴失和，班禪出走內地，圓寂於青海，宮保慈丹經扎什倫布寺班禪行轅尋訪到後，國民政府代總統李宗仁特令“免予掣簽，特准繼任為第十世班禪額爾德尼”。1949年8月10日在國民政府蒙藏委員會委員長關吉玉主持下，十世班禪坐床大典在塔爾寺舉行。

　　17世紀格魯派掌權後，這種活佛轉世的辦法成為西藏特權階層爭奪利益的手段。為杜絕大活佛轉世中的族屬傳襲之流弊，1793年清朝頒布“欽定藏內善後章程二十九條”時，創建金瓶掣簽制度，將其列入“善後章程”第一條；大皇帝為求黃教興隆，特賜一金瓶，規定今後遇到尋找活佛靈童時，邀集四大護法，將靈童名字及出生年月，用滿、漢、藏三種文字寫於牙籤牌上，放進瓶內，選派有學問的活佛，祈禱七日，然後由眾呼圖克圖會同駐藏大臣在大昭寺釋迦佛像前正式認定。

　　金瓶掣簽制度，完善了藏傳佛教活佛轉世制度。金瓶掣簽後，駐藏大臣、尋訪靈童負責人要將掣簽所得靈童的情況報告中央政府，經中央政府批准後，才能舉行坐床典禮。為此，清朝特製兩個掣簽金瓶，一個用於達賴、班禪轉世靈童的認定，現存放於拉薩布達拉宮；另一個用於確認蒙藏大活佛、呼圖克圖的轉世靈童，現存放於北京雍和宮。