2020-04-11 19:52:01幻羽

【新冠肺炎】研究報告指病毒有三個世系 東亞、美國、歐洲各不同

  【新冠肺炎】研究報告指病毒有三個世系 東亞、美國、歐洲各不同

           即時國際  撰文:吳迪 . 凌逸德 2020-04-11 16:06

新型冠狀病毒(COVID-19)疫情蔓延全球,至今有超過160萬人確診、10萬人喪生。有來自英國及德國的科學家利用基因網絡技術,重塑病毒的初期演變路徑。 

美國國家科學院院刊(Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,PNAS)在4月8日刊登一篇由英國劍橋大學遺傳學家福斯特博士(Dr. Peter Forster)及研究團隊撰寫報告,他們分析首160名確診者的病毒基因組,經過排序後發現病毒曾有多次異變。 

該批病毒基因組樣本在去年12月24日至今年3月4日之間取得,研究團隊參鑒考古學領域以DNA序列研究史前人口的技術,按基因差異排列出SARS-COV-2病毒的三個異變世系,並以A、B、C將之分類。

劍橋大學研究團隊對160分病例樣本基因進行了研究及排序。(美國國家科學院院刊官網)

研究指,被稱為「人類最早病毒基因」的A系病毒與蝙蝠及穿山甲身上發現的病毒非常接近,並在疫情最初爆發的武漢找到,令人意外的是,A系病毒卻不是武漢最流行的類型。

A系病毒主要在美國及澳洲患者身上發現,另外曾在武漢居住的美國人亦有同類型病毒。

B系病毒則是由A系病毒經過兩度異變後產生,包括武漢在內的東亞地區樣本大多都是B系,而在東亞地區以外,則極為少見。 

研究人員認為,之所以出現這種情況,是出於兩種可能。其一,「奠基者效應」(Founder effect),也即一群規模小而孤立的病毒,異變形成新群體,反映基因出現樽頸情況。其二,B系病毒可能因免疫學或環境原因,適應東亞人群,並需要異變才可在東亞之外傳播。與此同時,B系病毒在東亞的變種率較低。 

至於C系病毒則是B系的直系變種,是B系的「女兒」,在法國、意大利、瑞典及英國的早期病例樣本上都有找到,屬歐洲的主要類型。該研究的中國大陸的樣本中沒發現C系病毒,但在新加坡、香港及韓國的樣本中找到。

研究亦指出,意大利其中一個最早的確診個案是從德國首宗病例在1月27日傳入,而另一名意大利初期患者則與新加坡群組有關。 

福斯特稱,利用演化網絡分析病毒演變,有助找出其他COVID-19病毒的不明感染來源,從而找出阻止疫情擴散的方法。

新型肺炎:紐約州的確診個案多過西班牙及意大利。多份研究指出,美國和歐洲的新冠病毒屬於不同變種。(Reuters)

 新冠病毒到底源自何方這是一個仍然無解的問題   

(德國之聲中文網)英國劍橋大學及德國學者本週發表了一篇探討新冠病毒傳播溯源的研究報告,探討新冠病毒從武漢到歐洲和北美的傳播軌跡。研究發現,病毒毒株可分為A、B、C三種類型,而較為原始的版本"A型"雖然出現在武漢,但在武漢樣本中更多的是變異的"B型"毒株, A型毒株在美國和澳洲研究樣本上更為常見。 

題為"新型冠狀病毒基因組譜系分析"(Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes)的研究報告是由英國及德國學者共同撰寫,於4月8日發表於美國國家科學院院刊(PNAS)。研究人員通過基因網絡技術繪製出新型冠狀病毒在人體的早期"進化途徑"。該研究分析了從病患身上取得的前160份完整病毒基因組,得出新冠狀病毒通過突變產生的不同病毒譜系。 

" A 、B 、C "的全球分佈  劍橋大學遺傳學家、報告主要撰寫人彼得·福斯特(Peter Forster)介紹,由於病毒發生了太多快速突變,研究人員無法完整追踪病毒的家族譜系,所以採用數學網絡算法,同時找出所有可能的譜系。福斯特表示,這項技術最為人所知的用法是通過DNA追踪史前人類的動向。"我想這是首次將它用於追溯新冠病毒一類的冠狀病毒感染途徑。" 

USA | Coronavirus: Applaus für Medizinisches Personal (Reuters/C. Ochs)

A型毒株在美國和澳洲研究樣本上更為常見但並不能說明病毒來源美國(資料圖片) 

研究團隊從"全球共享流感數據倡議組織"(GISAID)的數據庫中提取了2019年12月24日至2020年3月4日之間收集的160個樣本,發現三種擁有密切遺傳譜系的的新冠病毒類型,將其分成A、B、C三種類型。其中較為原始的毒株A型與在蝙蝠身上發現的毒株最接近。A型雖然也出現在武漢,但並非武漢最常見的毒株。 

研究指出,曾經生活在武漢的美國人身上也找到此類毒株。研究發現A型更常出現在美國和澳洲感染者身上,而在武漢更常見的是從A型突變的B型毒株。總體而言,B型在東亞更為普遍,而且較少在未變異的情況下傳播至其它地區。研究人員分析,原因可能是武漢出現了遺傳學上的"奠基者效應",或是東亞以外的人群更能"抵抗"這一型的毒株。 

由B型變異而來的C型主要出現在歐洲,在早期的法國、意大利、瑞典和英國患者身上能找到。雖然在研究中的中國患者樣本上沒有出現C型,但見於新加坡、香港和韓國。   

基本上,在疫情暴發的第一階段,歐洲、美國和澳洲等東亞以外地區最常見的是A型和C型。B型則是在東亞最為常見。C型早期時出現在新加坡,這也是歐洲第一批感染者身上常見的毒株類型。 

無法判定病毒起源  這一研究報告在中國社交媒體上引起廣泛討論,認為這份報告可以成為新冠肺炎不是起源於武漢的佐證。報告主筆之一Peter Forster在接受《環球時報》採訪時表示,鑑於中美之間的政治糾紛,他明白病毒起源的議題是"燙手山芋",但這份報告以及他們目前正在進行的研究並不能給出明確解釋。 

至於為何A型病毒沒有在武漢大範圍感染,福斯特分析可能是"A型無法適應當地人的免疫系統"因此變異成B型,另一方面A型病株則適應了美國和澳洲人的免疫系統。  該研究團隊目前正將其研究樣本擴大至1001個病毒基因組。雖然研究結果尚未出爐,但福斯特表示,第一批感染以及病毒傳播發生在去年9月中旬至12月初之間。   

研究人員認為,採用基因網絡技術的分析方式將有助於預測下一個疫情暴發的地點。以意大利為例,意大利的"一號病人"起初被認為是曾與前往武漢的熟人接觸而感染,但後者身上並未驗出病毒,尋找"零號病人"的過程最終陷入死胡同。福斯特的研究則發現,意大利最早的感染案例或可追溯至1月27日被通報感染的一名德國患者,另一名初期的意大利感染病例則與"新加坡感染群"有關。

Symbolbild Pandemie Coronavirus (picture-alliance/Fotostand/Schmitt)