如果外星人正在訪問我們的星球，他們為什麼不與人類公開接觸？為什麼飛碟不在鬧區公園？或白宮、艾菲爾鐵塔前公開現身？一些持懷疑態度者緊抓住這個問題，徬佛沒有任何很好的回答可以解釋，認為飛碟現象根本是幻想與欺騙下的產物。然而，有不錯的原因可以反駁，就是外星人可能要保持其存在的秘密。

外星人領導者的指示

據青年網報導，一個猜測是，外星人有某種道義上的原因，使他們無法大規模地干預不太先進文明的行星事務。因此外星人領導者指示探測船規則，如果行星自己尚未達到高層次的技術時，不要改變它的自然發展軌跡。

飛碟與傳遞資訊的先知

某些人聲稱自己是被外星人專門選定的，外星人透過與他們的暗中接觸傳遞資訊給人類。例如拍到許多清楚飛碟照片的喬治亞當斯基、比利德梅爾，與雷爾教派等。當然，對這些人的聲稱，基本上是站不住腳的。如果外星人想傳遞一些資訊，一定會找具有公眾信任的人物，而不是隨便找一個人？而傳達的資訊通常是，人類還沒有準備好開放與地外文明接觸，因為我們的水準，精神意識太低。先知的任務就是讓人類達到了某種精神的理解，要充分認識外來的訊息，並實現一個普遍的精神覺醒。

外星人研究人類遺傳基因？

最可怕的一點，為什麼外星人沒有公開接觸的原因，是他們對我們並不友善。畢竟，如果你的意圖是敵對的，為什麼你需要公開宣佈？一些幽浮專家認為，外星人到這裡來收集人類遺傳物質，可能是為了創造雜種外來人。

更進一步的陰謀論

有人相信外星人和美國自己的政府之間，已經取得了一個秘密的協議，在有限的範圍內，允許外星人綁架人類進行研究，以換取分享一些他們的秘密技術。如果是這樣，這似乎是一個奇怪的協議。畢竟，如果美國的政府開始公開使用外星技術，必然有些問題將被人民質疑？如果協議存在的話，那麼，就意味著美國的政府擁有先進的外來技術，但他們又不能公開使用，為什麼他們會需要這樣的協定？也許美俄冷戰時期誘惑了他們。庫存的外來超級武器，可以在發生第三次世界大戰時用得上。

來自未來的外星人

另一種假說，外星人是來自人類高度演化後的未來。根據這一解釋，我們的神秘訪客知道有可怕的事將發生在地球，希望保存我們的生物學，或許因此可以重新遷移別處。或者，他們總有一天會重新點燃地球上的生命，如果我們不知設法防止自己毀滅地球，例如，核子戰爭。但是，如果外星人知道不好的事會發生，為什麼不干預，以阻止它，或者至少提前警示我們？也許他們是不允許干涉，或者他們知道這已經為時已晚。什麼災難呢？全球氣候變暖、地球磁極逆轉、小行星撞擊等等，誰知道？