洪仲丘案由軍檢與桃檢「分工合作」，繼續偵辦，而不是由軍方委由法務部檢察系統或是特偵組接辦，這雖然也是試圖挽回民間信心的一種做法，卻顯示了政府機關缺乏足夠認識的幾個問題，依然存在。

    　第一個問題是護短的問題。在國防部與法務部之間，國防部高層希望委由法務部系統偵辦的意思相當清楚，最早明確表達國防部贊成委託辦理的就是國防部副部長楊念祖。他也毫不諱言洪仲丘只因攜帶手機回營而被關禁閉，「裡頭一定有問題！」如果軍檢人員查案都有楊副部長這種「不護短」的態度，也不至於陷入辦案信用備遭質疑的境地。偏偏軍檢人員對外發言，處處予人護短的觀感，口頭表示努力辦案的決心，實際行動卻了無為了發現真相，一路追查到底的跡象；急著由下層抵罪，不願牽連上官的心態，則是溢於言表。民間所以有交由「第三方」偵辦之說，怕的就是護短！即使三軍統帥不會護短，但是難防底下護短啊！現在軍、法兩檢分工合作，檢方的偵查資訊與軍檢分享，但軍方的部分能不能做到證據走到哪裡，就辦到哪裡，尤其軍檢方面能不能做到不護短，如果還是有疑問，洪案的司法程序就還不能說是回到正軌。因為民間人士所以計畫再上街頭，問題就出在護短二字！

    　第二個問題是體系安定與個案正義的選擇。護短的心態常常躲藏在一種聽起來正當的說詞之中，也就是以為不該為了追求個案正義動搖既有的軍事體系秩序，如果證據走到哪裡就辦到哪裡，其結果就是顧忌追訴上級長官的法律責任可能動搖既有軍令體系的權威，影響體制的安定性，於是辦案就預設禁區，最好是止於基層人員的責任，不必向上發展。由於洪案中涉案人員其實極多，軍檢在偵查初期就斷言犯罪者只有一人，就已予人先畫靶再射箭的印象，公信力立告失守。然而以為體制秩序的安定高於個案刑事正義的追求，最大的盲點就是忽略了憲政民主的價值，其實在於因為權力體系具有能力追求個案正義公平，才能證成或建立權力體系秩序的正當性。洪案發展至今，恰恰證明了權力體系如果為了擔心動搖體制而拒絕個案正義，就會使得權力體系喪失正當性。此中道理很簡單，不能堅持要在每個個案中動用權力追求公平正義，權力體系將只是為了自己的存在而存在，那權力體系存在又有何用？

    　第三個問題則是軍法與司法的建制有無歧異。一種長久存在的錯誤觀念是軍法體系，包括軍事檢察與軍事審判，都是為了貫徹統帥權的目的而建制。此項錯誤觀念在軍中存在，也正是本案由軍檢偵辦不能取信於社會的原因之一。本案目前尚在檢察偵查階段，但因本案涉及軍人犯罪，應由軍事法庭審判，如果不能辨明軍事審判的建制目的，與司法審判一樣是在追求公平正義，幾乎可以斷言，將來軍法審判的公信力也必會受到質疑。

    　本案如果係由法務部檢察系統受託全權偵辦，將來即使是由軍檢依照其偵查結果，向軍事法庭提出公訴，也可以憑藉檢方辦案的公信力，做為軍事審判的支柱。現在此路只是通了一半，恐怕僅能依靠軍法系統人員自求多福了。軍法人員必須學會，不能將戰時的軍法審判為了滿足戰爭的需要，與平時的軍法審判是為了追求軍中法治正義與人權保障的目的為主，混為一談。大法官一再做成憲法解釋，指明軍法審判與司法審判同是國家司法權的環節，都應該遵守憲法上課予司法審判獨立的要求，甚至不因軍事審判法官不受終身職的保障而有差別。現制軍事法庭法官無終身職保障，固然可能引起外界對其獨立性的信任不若司法審判之高，但是此際乃只能要求此案之中所有的軍事長官都嚴守分際，由軍事審判官依據法治精神專以追求個案公平正義，而非只是依照軍事統帥或長官意志辦案，做為建立新的辦案模式的試金石！

    　本案能不能挽回社會信賴的關鍵，就在於國防與法務兩部檢察官合作辦案能否用具體行動展現破除護短的陋習，以追求發現個案真相，追求個案正義實現為唯一目的，以資證明軍法體制的存在仍然具備其制度正當性。於此同時，軍方有關部門也該積極認真思考，如何藉著此案的教訓，徹底檢討軍事審判系統的法律建制，區別平時與戰時的軍法體系，使之脫離統帥權工具的窠臼，改朝更能與司法審判體系接軌看齊的方向，扭轉軍事司法部門在洪仲丘案中瀕臨破產的命運！