台灣出現全球首例禽流感H6N1感染人類的病例，對此事，農委會防檢局認為，病患是否直接被禽類傳染，持保留態度，因為沒有證據證實是禽傳人，要待病毒基因突變檢驗後才能確認。但國內醫生及專家痛批並警告，對於禽流感要更為小心，提醒疾管局對於家禽的管控政策要重新思考，因為禽流感複雜且不斷變異，應該採取更嚴謹的措施。
根據聯合新聞網報導，台大獸醫系名譽教授賴秀穗痛批，H6N1在雞隻身上是非常普遍的低病原病毒，但在人類身上首度發現「還滿嚴重的」，是「不得了的事」，表示原來在禽鳥身上的H6N1病毒，有可能已經發生變異，防疫單位不可掉以輕心，應仔細比對人類和雞隻十年來的H6N1病毒基因序列，並公諸於世，讓全世界提高警覺。
賴秀穗說，國內很早就在雞隻身上分離出H6N1病毒，但過去從未傳染給人類，雖然H6N1對人對禽都是弱毒，但這案例是在提醒防疫單位，未來在處理禽流感疫病時，要更提高警覺才行。而且禽流感病毒是人類未來最大威脅的病毒，從H7N9的經驗中可得知，禽流感病毒在這麼多的雞隻間傳來傳去，而病毒不知何時會變異並傳染給人類，且可能造成病亡。
此外，台大醫院兒童感染科主任黃立民表示，疾管局已從病患體內培養出H6N1病毒，且病毒抗體上升，兩度在病患血清驗出H6N1抗體，而且還排除其他23種呼吸道冠狀病毒，在臨床上已符合感染定義，即可確認是H6N1感染個案了。因此，農委會不能太樂觀，不然若是讓病毒交換基因後，並持續突變，恐造成重症個案和大規模傳染，應對低病原禽流感病毒採取更嚴格監測、管制，在經濟損失間取得新的平衡點。
對此個案，疾管局也強調，經邀集農政單位及相關醫學與獸醫專家召開會議討論，依上述現有流行病學調查結果研判，這次案例是以輕微肺炎表現的散發個案，無證據顯示有人傳人現象，未來將持續加強人類、禽鳥與環境監測。而預防H6N1禽流感方法就是要勤洗手、避免吃生蛋和接觸禽鳥。
國內怎應變/病毒若變異 學者︰問題就大了
自由時報 – 2013年6月22日 上午6:18
〔自由時報記者洪素卿／台北報導〕H6N1禽流感普遍被認為是一株溫和的低病原性病毒，也是台灣養雞場常見病毒，為何會感染人類？學者建議，首先要確定病毒是否變異？接下來，進一步了解禽畜業者是否有H6N1相關抗體，也須普查雞場存在H6N1的現況。
應全面普查雞場與業者
據了解，去年十二月廿七日通報的彰化芳苑蛋雞場，除了驗出雞隻有H5N2高病原禽流感病毒外，其實也曾驗出H6N1病毒。但由於H6N1病毒在台灣養雞場並非罕見，也沒有線索顯示H6N1與H5N2有病毒株變種情形，當下病毒共存的情況並未獲得重視。
不過，台灣大學獸醫專業學院名譽教授賴秀穗指出，中國的H7N9病毒就是多株病毒組合而成，這幾年，由於政府隱匿疫情，H5N2禽流感病毒出現一堆；H6N1雖然毒性非常低，但卻是台灣雞場常見病毒。有鑑於台灣飼養雞隻數量非常多，高達三億隻，當這些病毒同時存在這些雞隻的情況下，只要有一種病毒變異，問題就會非常嚴重。防檢局有必要確實了解H6N1在台分布情況，確認是否有基因變異。
紀錄片導演李惠仁則質疑是因為防檢局隱瞞H5N2疫情，造成許多地方禽場都有H5N2病毒，「帶壞了H6N1這隻乖寶寶」，「農委會該為此負全責」！
李惠仁點名農委會負責
防檢局副局長趙磐華強調，H6N1是否產生病毒變異，以致原本只是禽傳禽的病毒，變成禽傳人？目前相關單位都還在研究中。這次也有獸醫相關學者認為，雖然該名患者在咽喉檢體驗出H6N1，但其肺炎是否與H6N1相關？是否就是H6N1感染所致？都值得進一步研究。只是站在防疫從嚴的立場，先把H6N1當作元凶，先展開相關防疫措施。針對養禽場、屠宰場、理貨場等有禽類流動的地方與營業地方，加強消毒與監測。
至於雞隻是否可能出現相關病毒變異？防檢局表示近年持續都在進行監測，包括候鳥聚集地、家禽養殖場等，都在密切監控中。
