清代漕運總督衙門仍駐淮安，管轄山東、河南、江蘇、安徽、江西、浙江、湖北、湖南八省漕政，具體負責漕運、檢選運弁、漕船修造、查驗回空、督催漕欠等事務。從漕糧收繳、起運，到漕船北上過淮、抵達通州，漕督都要親自稽核督查，運輸過程中出現的重要情況均需隨時向皇帝報告。康熙二十一年(1682年)規定，糧船過淮後，總漕應隨船北上，率所屬員弁視察運道情況，調度全漕。糧船過津後，總漕即入京覲見述職，而後回淮辦理下年之徵收起運諸事。

    由於涉及運河的分段治理，清代河道總督的設職情況要比漕運總督複雜得多。順治元年只設河道總督一人，掌管黃河、京杭大運河及永定河堤防、疏浚等事，治所在山東濟寧。隨著江南河工興舉日多、修守事務漸趨繁巨,康熙十六年(1677年)，河道總督衙門不得不由濟寧遷至江蘇清江浦(淮安市)。這樣一來，河南武陟、中牟一帶堤工若有險情，駐紮淮安的河道總督往往鞭長莫及，清廷便於雍正二年(1724年)設立副總河一職，駐河南武陟，負責河南河務。雍正七年(1729年)改總河為總督江南河道提督軍務(簡稱江南河道總督或南河總督)，副總河為總督河南、山東河道提督軍務(簡稱河東河道總督或東河總督)，分別管理南北兩大河段河道事務。遇有兩處共涉之事，兩位河督協商處置。雍正八年(1730年)，清廷又設直隸河道水利總督，管轄海河水系各河及運河防治事務。至此，清代河道總督一分為三，而就河工任務及對漕運的影響來看，三總河中地位最關緊要的是南河總督。乾隆十四年(1749年)，直隸河務漸趨正軌，北河總督一職遂被裁撤，其職能由直隸總督兼任。

    有清一代，黃河奪淮已有四五百年的歷史，泥沙淤積導致的河患頻發，使運河治理面臨死結性難題，特別是南河黃淮運交匯處的清口一帶，河工任務特別艱巨。這一局面使漕運總督與河道總督的社會角色發生了一些微妙變化。一是清廷對河道總督的重視遠勝明代，總河地位漸漸淩駕於總漕之上。明代總漕常常代理河務，總河一職時設時廢，清代總河一職從未空而不設，而且總河代理總漕事務者很多，總漕兼理河務的現象卻很少。二是總河面臨的仕途危險性比總漕大得多。面對當時情況下難以根治的河患，河道總督(特別是南河總督)往往如履薄冰，突發的河患常常會給他們帶來丟官獲罪的仕宦結局。正如清末兩廣總督周馥在其《國朝河臣記》序中所言：“河益高，患愈亟，乃罰日益以重。嘉道以後河臣幾難倖免，其甚者僅貸死而已。”

    “兩督事雖異，一漕事本同。”乾隆帝這一詩句表明，漕運總督與河道總督雖事有專責，但共同目標都是為了保障漕運暢通，因此，雙方必須做到分工不分家。但是，漕運總督與河道總督畢竟是兩個獨立的行政系統，雙方具體任務有別，所關注的重點各異，而且面對的是同一條運河，在很多地方很多事務中往往會遇到權利重疊，產生利益衝突。因此，總漕與總河之間往往會矛盾重重，有時甚至鬧得不可開交，以至朝廷不得不加以干預。像康熙年間的河督靳輔和漕督慕天顏，均為康熙所倚重的漕河干將，但二人分別站在河、漕二督的立場上相互攻訐，結果均被削官。

    隨著黃河于咸豐五年(1855年)北移至山東境內奪大清河入海，京杭運河航道受阻，內河漕運意義不大，漕運總督和河道總督也失去了存在的意義。江南河道總督在黃河改道後第三年(1858年)即被裁撤，東河總督和漕運總督也分別於光緒二十八年(1902年)和光緒三十一年(1905年)被裁撤。

古城淮安中心的鎮淮樓北側，有一高出地面1.5米，占地面積近2萬平方米的遺跡，這便是歷史上曾主管全國漕運的機構——“漕運總督署”舊址。
　　從東漢末年到南北朝，中原地區戰亂頻仍，使得該地區的百姓大量南遷，因而促進了淮南、江南等地的經濟迅速發展，逐漸成為我國工農業生產發達之寶地，使江南的財富在歷代財政收入中佔有極大的份額。而進貢朝廷、調劑全國的漕米鹽粟，原靠江路轉運到京，後由於廣東沿海一帶，盜匪滋擾，以至江廣之粟北運受阻，又因江南有部分失地仍陷敵手，江蘇浙江的漕米亦不能運達京倉，不得已麗改用海運，短期內頗見成效。後因海洋運輸也不安定，自隋煬帝開鑿大運河以來，便採用“江河遞運”的辦法。除官方的漕船，還動用了大量的民船裝運，由海達江，由江達河。到了明初，則海陸兼運，而運至京都的大量財富，都要通過大運河南北運輸。
　　淮安是南北水運的樞紐，東西交通的橋樑。據《重修山陽縣誌》載：“凡湖廣、江西、浙江、江南之糧船，銜尾而至山陽，經漕督盤查，以次出運河，雖山東、河南糧船不經此地，亦皆遙稟戒約。故漕政通乎七省，而山陽實咽喉要地也。”當時千萬艘糧船銜尾而至淮安，由末口入淮北上。糧船卸載之後，再裝滿官鹽而歸。淮北鹽南運，則又由板浦車運至安東(今漣水)壩，渡過黃河，經草灣對過的鹽河，運往淮安城北的河下鎮，再運往南方各地。這樣一方面解決了北方糧米匱乏之虞，另一方面，也大大緩解了南方產米最旺之區，因近年屢慶豐年，民間之米不可勝用，米價之賤，百姓苦於“米贏而錢絀”的窘境。南糧北調，北鹽南運，都途經淮安，使得淮安成為漕運集散地，客觀上形成了在漕運史上的特殊地位。
　　自隋代起，朝廷便在淮安設立漕運專署，到了宋代，東南六路之粟由淮入汴而至京師(清同治《山陽縣誌》)明、清時在淮設漕運總督公署，以督查、催促漕運事宜，主管南糧北調等籌運工作。
　　淮安的特殊地理位置，促進了淮安的繁榮，特別是商業十分發達。漕運總督機關設在這裏，駐有大批的理漕官吏、衛漕兵廠。漕船到達淮安後，需接受漕台銜門的盤查，千萬艘糧船的船工水手、漕運官兵在此停留，南來北往的商人在此進行貸物交易，旅客也常在這裏盤桓，這便大大提高了淮安的商品需求量，促進了淮安的商業發展。據記載，當時淮安城內外店肆酒樓，鱗次櫛比，“市不以夜息”，十分繁華。
　　漕運總督公署是朝廷的派出機構，總督都由勳爵大臣擔任。景泰二年始設漕運總督于淮安與總兵參將同理漕事(清同治《山陽縣誌》)明代的王竑、李三才、史可法，清代的施世綸、琦善、穆彰阿、思銘、楊殿邦等人都先後在淮安任過漕運總督之職，漕運總督權力顯赫，不但管理漕運，而且還兼巡撫，因此也稱漕撫。公署機構宏大，文官武校及各種官兵，達二百七十多人，下轄儲倉、造船廠、衛漕兵廠等，共約二萬多人。
　　此處漕運公署，始建于宋乾道六年(1170)由錄事陳敏興修，元時為淮安路總管府，至元三十年，阿思重修；明洪武元年，淮安知府范中·政建淮安府署；洪武三年，知府姚斌改為淮安衛指揮使司，景泰年間，都禦史王竑督理漕務，知府程宗在此建都察院；到成化五年通判薛淮重修；正德十一年，知府薛[斌金]增建、嘉靖十六年都禦史周金在城隍廟東新建都察院；隆慶五年，知府陳文燭將此重修；萬曆七年，都禦史淩方翼將淮安衛遷往城隍廟東，移漕運總督府于此。
　　當時，建築規模宏偉，有房213間。其中大堂五間，中廳七間，大樓五間，後廳五間，耳房東西各三間，廚房七間，案房東西共六間，書吏房二十餘音，皂隸房東西五間，工字廳三間，中廳，東西花園，耳房四間，花亭三間，亭東耳房四間，大堂西院一宅計十五間，東西耳房廂房，穿廊共三十二間，水土神祠三間，寅賓館三間，儀門三間，腳門二間，大門五間，鼓亭二間，牌坊三座：中曰“重臣經理”，東西分別曰“總供上國，專制中原”。司道府縣廳共九間，中軍旗鼓衛官廳共二十間，兵勇各房三十餘間，請美堂共十五間。中軸線上分設有大門、二門、大堂、二堂、大觀樓、淮河節樓。東側有官廳、書吏辦公處、東林書屋、正值堂、水土祠及一覽亭等；西側有官廳、百錄堂、師竹齋、來鶴軒等，大門前有照壁，東西兩側各有一座牌坊。以上建築，在四十年代被侵華日軍飛機炸為廢墟。屋基、礎石仍存地下。更值得一提的是在衙門前有一對全國罕見的石獅。據說，在元朝，朝廷曾從波斯(現伊朗)運進兩對藝術價值很高的石獅，一對運往京都，一對留在淮安。可惜，留在淮安的這對石獅，在“文革”中被砸成了碎片。
　　二三十年代時漕院東側辟為縣體育場，三十年代初在漕院內開了一個劇院，為當時淮安的第一個劇場，以演戲的收入支援東北人民抗日。解放後，此處為淮安縣人民體育場。一九八八年，淮安市政府于遺址上重建門廳九間，中間三間面闊11米，門眉置“總督漕運部院”匾額，東西各三間均面闊9米，進深5檁3米，簷高4米，青磚小瓦，明柱，抬梁，古樸典雅。
　　此處現仍為淮安市體育場館所在地，除每年舉行各種賽事，盛大節日舉行萬人集會活動外，便成為市民與青少年進行體育鍛煉的場所。