不同於遭受土石流重傷害的地區，相關單位還在積極搶救，同樣為莫拉克颱風所害，像是屏東林邊等沿海地區，由於積水慢慢退去，環保單位已經全面展開清理、消毒工作。
環保署廢管處長何舜琴：「清完，就馬上做一次消毒，最後還會再做一次全面性消毒，所以目前環保單位，已經投入3萬多的人力，包括國軍1萬5千人力，我們環保單位也有1萬5千人力，投入進去，整個垃圾清除、消毒作業，目前垃圾清除的量，大概已經達到10萬多噸。」
選擇在林邊成立工作小組，負責整合調度清理環境，復原任務，希望讓當地遭到淹水肆虐的10個村，能夠在一個星期內，恢復正常作息。