風災過後，接下來就是可能爆發的傳染病。不過，衛生署疾管局現在更擔心，新流感疫情可能因此擴大。因為疾管局已經接獲通報，發現部分災區的收容所已經出現類流感症狀的民眾。疾管局擔心在兩個星期後，恐怕會進入大流行。因此決定從11日起，提供13個受災縣市免費的克流感藥物，只要災民出現類流感症狀，不需要經過快速篩檢，醫師就直接給藥治療。

風災肆虐後，洪水逐漸退去，不過新流感疫情恐怕在兩個星期後，會進入大流行。

就是擔心災後疫情擴大，衛生署疾管局決定從11日開始針對，台中縣市、彰化縣、南投縣、雲林縣、嘉義縣市、台南縣市、高雄縣市、屏東縣及台東縣等13個受災縣市，放寬克流感藥物的使用範圍，只要災民出現有類流感症狀，就直接免費投藥。

由於全台新流感群聚感染已經累積到三十起，重症病例更有19例，其中一人死亡，四人病危。尤其目前發現在南部部分聚集三、四千人的收容所，也傳出流感病例。疾管局擔心，每週大約6千人感染新流感病毒，一旦新流感入侵收容所，擴散將更快速。因此，疾管局已經派防疫醫師在各災區駐點，也呼籲民眾要多注意自我的衛生清潔。