為因應H1N1新型流感疫情持續升溫，國籍航空公司長榮與華航將提高客艙清潔與消毒作業。長榮表示，如果發現旅客有疑似新型流感的症狀，無論是否飛美加的班機，所有客艙都會進行全面消毒；另外，他們也決定增加每個班機的口罩數量。

國際間不斷傳出人類感染H1N1新型流感病例，衛生署疾病管制局從29日凌晨開始，針對美洲大陸返國的重點航班實施登機檢疫。國籍航空長榮與華航也配合疾管局防疫工作，將加強航班客艙清潔消毒作業。

華航表示，全球各站機場服務人員在旅客登機前將進行觀察，如果旅客有不適或發燒情形，將主動建議就醫，等待症狀消失、提出適航證明後，才放行登機。另外，在飛行途中，華航空勤機組員將提高警覺，一旦發現旅客不適，將提供必要協助或區隔。華航也將加強機艙內空調系統運作方式，增加機艙內新鮮空氣，降低空氣循環使用次數並過濾空氣中微粒及細菌。

長榮方面，目前還沒有特別針對飛美加班機提高防疫作業。長榮航空副總經理聶國維表示，一旦發現旅客有疑似H1N1新型流感症狀，所有航班的機艙將全面消毒。聶國維說：『(原音)每一個航班如果有疑似H1N1新流感的旅客病例的話，我們會全部的機艙都做一次消毒。就我們空廚的部分，跟食物上面有所接觸的這個部分，我們所有的這些餐勤人員，不論他進入到空廚或者出來的時候，全身都會做消毒。』

聶國維說，自從2003年發生嚴重急性呼吸道症候群SARS疫情後，班機上都備有20個口罩，目前他們決定將口罩數量增加到60個；另外，洗手間的洗手乳也都有消毒效果，未來也將特別加強飛美航班的消毒作業。