腸病毒臨床上可以引起多種疾病，其中很多是無症狀，有些則只有發燒或類似一般感冒症狀，但有些則會出現特殊的臨床表現，如手足口病（hand-foot-mouth disease）、泡疹性咽峽炎（herpangina）、無菌性腦膜炎、病毒性腦炎、肢體麻痺症候群、急性出血性結膜炎（acute hemorrhagic conjunctivitis）、嬰兒急性心肌炎及成人心包膜炎、流行性肌肋痛、急性淋巴結性咽炎（acute lymphonodular pharyngitis）、發燒合併皮疹（febrile illness with rash）等。

傳染來源

人類是腸病毒唯一的傳染來源，主要經由腸胃道（糞-口、水或食物污染）或呼吸道（飛沫、咳嗽或打噴嚏）傳染，亦可經由接觸病人皮膚水泡的液體而受到感染。在發病前數天，喉嚨部位與糞便就可發現病毒，此時即有傳染力，通常以發病後一週內傳染力最強；而患者可持續經由腸道釋出病毒，時間長達8到12週之久。