紅麴菌屬( Monascus )是由法國學者 van Tieghem 在 1884 年所建立, 本屬菌株旳特徵是菌絲呈無色, 褐色或紅色, 具有橫隔 ( Septa ), 在其末端會產生一個大型的有性厚壁子囊, 在分類上, 紅麴菌是屬於真菌界( Fungi ) , 子囊菌門(Ascomycota) , 子囊菌綱 ( Ascomycetes ), 散囊菌目 ( Eurotiales ), 紅麴菌科 ( Monascaceae ), 紅麴菌的分類是基於分離源, 培養基型態, 發酵特性, 以及色素產生等特徵來命名.

台灣使用的紅麴菌, 相傳是由鄭成功光復台灣後, 自福建渡海來台製酒匠人所引進, 並由在台的日本學者齊藤賢道於 1908 年由紅麴中分離出 Monascus pruprueus , 在 1930 年則由中澤亮治及左藤喜吉從台灣民間所用的紅麴中分離出優良的純菌種, 命名為 Monascus anka , 意指其來自 Anka  ( 紅麴的閩南語發音 ), 由於最早的應用是酒類釀造, 所以早期台灣的研究主要由菸酒公賣局進行, 並且順利開發出紅露酒 , 在食品加工上的應用, 廣為大眾所知的則是紅糟肉的製 !